WMS系統關於退料的操作主要有以下幾種：IQC退料至供應商、採購退貨、車間生產退料、倉庫退料以及生產訂單退線邊倉。接下來分別對這幾種退料方式進行概述。
1.IQC退料至供應商
正常情況下，採購回來的物料分爲檢驗和免檢兩類。如果是免檢，那麼物料直接進倉庫相應的貨架。如果是需要檢驗的物料，那麼就需要經過質檢部門的IQC各項檢驗，只有檢驗合格的才能入庫上架。否則，就要將不合格的物料移至退貨貨架，準備退回至供應商。需要注意的是IQC退料環節，實際上是還沒有付費的。如果是在以合格的方式進入倉庫後，在發現物料有問題，此時物料已經付費，那麼處理退的方式就是另外一種業務邏輯，就是下面即將介紹的採購退貨。
2.採購退貨
通過採購退貨功能退的物料是已經進入倉庫的物料，該物料已經付費給供應商，但是發現物料存在問題，而且是供應商的責任。此時需要將有問題的物料移至指定的退貨貨架，然後通過採購退貨功能完成物料退還至供應商。
3.車間生產退料
車間生產退料功能針對的是從倉庫發到車間生產的物料，如果物料剩餘或者是存在問題，可以通過該功能將其重新退至倉庫內，如果是有問題的物料，而且是供應商責任，那麼需要將其移至指定的退貨貨架，然後通過採購退貨功能將其退至供應商。
4.倉庫退料
倉庫退料實際上就是一個移動貨架的過程，將有問題且是供應商責任的物料移至指定的退貨貨架，然後然後通過採購退貨功能將其退至供應商。
5.生產訂單退線邊倉
根據實際業務需要，發料到生產有兩種情況：一種是將物料直接發送到線邊倉，一種是將物料直接發送到生產訂單。如果是發送到線邊倉，那邊如果需要退料，可以直接通過車間生產退料功能，將物料從線邊倉退至倉庫。但是，如果是發送到生產訂單，那麼就需要先將物料從生產訂單退至線邊倉，然後在通過車間生產退料功能將其從線邊倉退至倉庫。
以上所有操作都有和SAP過賬。