muscle多序列比对简单应用

没有深入研究，只想对多序列做个比对，然后分组，具体命令如下：

1、多序列比对（数据量不大，曾经用了一个挺大的，直接吐核，放弃了，网上有说多线程操作，没有用，照例吐）

muscle -in seqs.fa -out seqs.afa

 

对于大数据集可以使用（我用了，直接报错，不知道咋回事，希望能有成功的宝宝）

 muscle -in seqs.fa -out seqs.afa -maxiters 2

2、序列转变为clustalw格式

muscle -in seq.afa -clw  -out seq.clw

因为clw文件是分段显示的，我用python做了合并，输出整体序列比对结果（很不幸，这次比对不太好，我大概要弃了muscle,试下cd-hit,实在不行还得后续想办法，哭泣。。。）

import json
dict={}
with open('seq.clw','r')as js:
    for line in js.readlines():
        print(line)
        if line.isspace():
            continue
        else:
            s=line.split( )
            print(s)
            if s[0] in dict.keys():
                dict[s[0]]=dict[s[0]]+s[1]
            else:
                dic={s[0]:s[1]}
                dict.update(dic)
js.close()
filew=open('catclw.clw','w')
for key in dict.keys():
    filew.write(key+" "+dict[key]+"\n")
filew.close()

 

3、根据多重比对结果构建UPGMA树

 

muscle -maketree -in seqs.afa -out seqs.phy