使用MD5匹配病毒的技術可能不值得一提，但就目前來看這是種簡單有效又值得信賴的方法，簡單不用說了；有效是因爲現在大部分的病毒或者惡意程序都不是感染型的，發放出去後不會變化或者變化有限；值得信賴是因爲MD5誤報正常文件的機率可以忽略不計。
雖然MD5比較簡單，但用它來作爲病毒引擎的主要方式還有額外的工作，做好它並不容易。
首先要從各個信任的源頭那裏獲得病毒的MD5，有病毒樣本最好，沒有關係也不大。如果有病毒樣本，可以找另一些病毒公司交換這些樣本，這裏可以充當一箇中間商。大量的病毒樣本或者MD5當然還需要建立一個有效的管理系統和病毒庫的更新系統。另外，最好還要建立一個正常文件的MD5庫。
實際使用時，用MD5來做爲病毒引擎的主要病毒特徵碼會有一個問題：這個特徵碼的個數將會非常非常多，那麼它比採用其它方式的引擎更需要快速找到匹配的MD5的方法（這個匹配有可能很簡單，更容易利用硬件技術加速）；另外，非常多的特徵碼的 加載時間和空間也是必須要考慮到的。
最後，當然要配合MD5做些輔助的手段，比如病毒匹配前的正常文件匹配過濾、特徵字符串的匹配（這個從以前的主角變成現在的配角，目前可以用在HTML這種易變換的文件上），解壓縮的支持等等。