VMware 可以在软件上图形化窗口直接操作 “压缩磁盘以回收未使用的空间”（方法：编辑虚拟机设置 -> 选取 “硬盘” -> 点击右侧 “压缩” 即可）。
VirtualBox 6（目前的最新版本）不支持软件窗口操作缩小虚拟机磁盘空间或者压缩虚拟机磁盘空间（不因虚拟机中删除文件释放空间），但提供 VBoxManage 命令进行清理。
Windows 环境
在虚拟机中，从微软官网下载SDelete （https://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb897443），下载完成后解压，然后 cmd 进入到刚刚存放的目录下（如 直接放在c盘根目录下），打开 cmd 执行：
-- 把整个 c 盘下的未使用的磁盘空间标记为 0，执行完后把虚拟机关机
C:\sdelete -z c:\
然后进入宿主机 VBoxManage.exe 目录（通常为 VirtualBox 安装目录），然后执行 BoxManage 命令压缩 VDI 虚拟机磁盘文件即可。
D:
cd D:\Program Files\Oracle\VirtualBox
VBoxManage modifyhd F:\VMs\windows_xp_professional_sp3_x86.vdi –compact
Linux环境
在虚拟机中，打开终端执行：
-- 依次执行，执行完后把虚拟机关机
sudo dd if=/dev/zero of=/empty
sudo rm -f /empty
然后进入宿主机 VBoxManage.exe 目录（通常为 VirtualBox 安装目录），然后执行 BoxManage 命令压缩 VDI 虚拟机磁盘文件即可。
VBoxManage.exe modifyhd "E:\VMs\rhel_erver_6.8_x64.vdi" --compact