文件夹丢失与乱码问题
本人使用 西捷 SATA 160G 硬盘。硬盘上原有WIN2000和WINXP两个系统，后又在硬盘最后分了个 5G 的EXT3分区安装Linux。Linux引导Windows系统，一切运行正常。某日，硬盘分区表信息被损坏，通过DiskGen修复了几个分区。删除Linux分区，安装WIN2000和WINXP双系统。
问题一：
安装WIN2000和WiINXP后，系统的磁盘自动扫描导致 6G 大小的文件夹丢失，显示为同名的 8K 大小的文件，通过该盘属性查看，从容量大小看文件内容仍在。
问题二：
在硬盘的最后一个分区商，WINXP下创建的文件夹的内容在WIN2000下显示为乱码，WINXP下用WINRAR压缩的文件在WIN2000下无法解压缩。WIN2000下的操作在WINXP下是同样的效果。
问题三：
由于害怕文件的丢失，在DOS下用PQMagic6.0来重新分区（FAT32），报错误如下：
磁盘1显然使用了不同的驱动器几何规格（81h 63s)，后面建议删除所有分区，在新的磁盘几何规格下建立新的分区。
对硬盘低格后，用PQmagic6.0创建不再有问题。但在安装WIN2000时候，会报告最后的分区没有分配或初始化，退出WIN2000安装，安装WINXP没有问题。
后来用PQMagic分区后并不格式化，安装了WIN2000和WINXP，一切正常。但WIN2000下在最后一个（5G）分区上安装Linux的虚拟机，在WINXP显示该分区下没有任何内容。
估计h是磁头，s是扇区。我想硬盘损坏的可能性不大，估计是因为安装Linux使用EXT3分区的原因，导致了FAT32与EXT32的不兼容。
最后为了避免WIN2000与WINXP的冲突（问题二），采用NTFS格式安装了WINXP了事，实在是害怕文件的丢失。
另外还有一个问题：在安装Linux之前和现在都有，就是有时候在删除文件时，当时显示文件已经删除，再回到删除文件的文件夹下时文件又出现了，在重新启动机器后文件就消失了。我曾经一度使用过Maze和BT，难道是他们对硬盘造成了损伤？对硬盘检查后并没有错误。
谁有高见请告诉我。