SeqKit根據ID提取序列

我們需要使用SeqKit的grep功能來實現。首先官方的語句是這樣的:

$ zcat hairpin.fa.gz | seqkit grep -f list > new.fa(https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/#seqkit

這是針對Linux系統環境下。如果實在Windows環境下,則要使用語句:

TYPE non_snare.fasta|seqkit grep -f non_snareind.txt > new.fa

即:將zcat命令換成TYPE命令,同時需注意zcat後面是壓縮的fasta文件而TYPE命令後面是fasta文件。

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