目錄樹可以分爲小的部分，每個部分可以在自己的磁盤或分區上。主要部分是/、/usr 、/var 和 /home 文件系統。每個部分有不同的目的。
每臺機器都有根文件系統，它包含系統引導和使其他文件系統得以 mount 所必要的文件，根文件系統應該有單用戶狀態所必須的足夠的內容。還應該包括修復損壞系統、恢復備份等的工具。
/usr 文件系統包含所有命令、庫、man 頁和其他一般操作中所需的不改變的文件。 /usr 不應該有一般使用中要修改的文件。這樣允許此文件系統中的文件通過網絡共享，這樣可以更有效，因爲這樣節省了磁盤空間(/usr 很容易是數百兆)，且易於管理(當升級應用時，只有主/usr 需要改變，而無須改變每臺機器) 即使此文件系統在本地盤上，也可以只讀 mount，以減少系統崩潰時文件系統的損壞。
/var 文件系統包含會改變的文件，比如 spool 目錄(mail、news、打印機等用的)， log文件、formatted manual pages 和暫存文件。傳統上/var 的所有東西曾在 /usr 下的某個地方，但這樣/usr 就不可能只讀安裝了。
/home 文件系統包含用戶家目錄，即系統上的所有實際數據。一個大的/home 可能要分爲若干文件系統，需要在/home 下加一級名字，如/home/students 、/home/staff 等。
雖然上面將不同的部分稱爲文件系統，但它們不必是真的分離的文件系統。如果系統是小的單用戶系統，而用戶希望簡單化，可以很容易地放在一個文件系統中。根據磁盤容量和不同目的所需分配的空間，目錄樹也可以分到不同的文件系統中。重要的是使用標準的名字，即使/var 和/usr 在同一分區上，名字/usr/lib/libc.a 和/var/adm/messages 必須能工作，例如將/var 下的文件移動到/usr/var ，並將/var 作爲/usr/var 的符號連接。
Unix 文件結構根據目的來分組文件，即所有的命令在一個地方，所有的數據在另一個地方，所有的文檔又在一個地方，等等。另一個方法是根據屬於的程序分組文件，即所有 Emacs 文件在一個目錄中，所有TeX文件在另一箇中，等等。後一種方法的問題是文件難於共享(程序目錄經常同時包含靜態可共享的和動態不可共享的文件)，有時難於查找 (例如 man 頁在極大數量的地方，使 man 程序查找它們極其困難)。
根文件系統
根文件系統一般應該比較小，因爲包括嚴格的文件和一個小的不經常改變的文件系統不容易損壞。損壞的根文件系統一般意味着除非用特定的方法(例如從軟盤)系統無法引導。
根目錄一般不含任何文件，除了可能的標準的系統引導映象，通常叫/vmlinuz 。所有其他文件在根文件系統的子目錄中。
/bin
引導啓動所需的命令或普通用戶可能用的命令(可能在引導啓動後)。
/sbin
類似/bin ，但不給普通用戶使用，雖然如果必要且允許時可以使用。
/etc
特定機器的配置文件。
/root
root用戶的家目錄。
/lib
根文件系統上的程序所需的共享庫。
/lib/modules
核心可加載模塊，特別是那些恢復損壞系統時引導所需的(例如網絡和文件系統驅動)。
/dev
設備文件。
/tmp
臨時文件。引導啓動後運行的程序應該使用/var/tmp ，而不是/tmp ，因爲前者可能在一個擁有更多空間的磁盤上。
/boot
引導加載器(bootstrap loader)使用的文件，如LILO,GRUB。核心映象也經常在這裏，而不是在根目錄。如果有許多核心映象，這個目錄可能變得很大，這時可能使用單獨的文件系統更好。另一個理由是要確保核心映象必須在IDE硬盤的前1024柱面內。
/mnt
系統管理員臨時 mount 的安裝點。程序並不自動支持安裝到/mnt 。 /mnt 可以分爲子目錄(例如/mnt/dosa 可能是使用 MSDOS 文件系統的軟驅，而/mnt/exta 可能是使用 ext2 文件系統的軟驅)。
/proc , /usr , /var , /home
其他文件系統的安裝點。
/etc目錄
/etc 目錄包含很多文件。許多網絡配置文件也在/etc 中。
/etc/rc or /etc/rc.d or /etc/rc*.d
啓動、或改變運行級時運行的scripts或scripts的目錄。
/etc/passwd
用戶數據庫，其中的域給出了用戶名、真實姓名、家目錄、加密的口令和用戶的其他信息。
/etc/fdprm
軟盤參數表。說明不同的軟盤格式。用setfdprm 設置。
/etc/fstab
啓動時 mount -a 命令(在/etc/rc 或等效的啓動文件中)自動 mount 的文件系統列表。 Linux 下，也包括用 swapon -a 啓用的 swap 區的信息。
/etc/group
類似/etc/passwd ，但說明的不是用戶而是組。
/etc/inittab
init 的配置文件。
/etc/issue
getty 在登錄提示符前的輸出信息。通常包括系統的一段短說明或歡迎信息。內容由系統管理員確定。
/etc/magic
file 的配置文件。包含不同文件格式的說明，file 基於它猜測文件類型。
/etc/motd
Message Of The Day，成功登錄後自動輸出。內容由系統管理員確定。經常用於通告信息，如計劃關機時間的警告。
/etc/mtab
當前安裝的文件系統列表。由 scripts 初始化，並由 mount 命令自動更新。需要一個當前安裝的文件系統的列表時使用，例如 df 命令。
/etc/shadow
在安裝了影子口令軟件的系統上的影子口令文件。影子口令文件將/etc/passwd 文件中的加密口令移動到/etc/shadow 中，而後者只對 root 可讀。這使破譯口令更困難。
/etc/login.defs
login 命令的配置文件。
/etc/printcap
類似/etc/termcap ，但針對打印機。語法不同。
/etc/profile , /etc/csh.login , /etc/csh.cshrc
登錄或啓動時 Bourne 或 C shells 執行的文件。這允許系統管理員爲所有用戶建立全局缺省環境。
/etc/securetty
確認安全終端，即哪個終端允許 root 登錄。一般只列出虛擬控制檯，這樣就不可能(至少很困難)通過 modem 或網絡闖入系統並得到超級用戶特權。
/etc/shells
列出可信任的 shell。chsh 命令允許用戶在本文件指定範圍內改變登錄shell。提供一臺機器FTP服務的服務進程 ftpd 檢查用戶 shell 是否列在 /etc/shells 文件中，如果不是將不允許該用戶登錄。
/etc/termcap
終端性能數據庫。說明不同的終端用什麼"轉義序列"控制。寫程序時不直接輸出轉義序列(這樣只能工作於特定品牌的終端)，而是從/etc/termcap 中查找要做的工作的正確序列。這樣，多數的程序可以在多數終端上運行。
/dev目錄
/dev 目錄包括所有設備的設備文件。設備文件用特定的約定命名。
/usr文件系統
/usr 文件系統經常很大，因爲所有程序安裝在這裏。 /usr 裏的所有文件一般來自 Linux distribution；本地安裝的程序和其他東西在/usr/local 下。這樣可能在升級新版系統或新 distribution 時無須重新安裝全部程序。
/usr/X11R6
X Window系統的所有文件。爲簡化X的開發和安裝，X的文件沒有集成到系統中。 X自己在/usr/X11R6 下類似/usr 。
/usr/X386
類似/usr/X11R6 ，但是給 X11 Release 5 的。
/usr/bin
幾乎所有用戶命令。有些命令在/bin 或/usr/local/bin 中。
/usr/sbin
根文件系統不必要的系統管理命令，例如多數服務程序。
/usr/man , /usr/info , /usr/doc
手冊頁、GNU信息文檔和各種其他文檔文件。
/usr/include
C編程語言的頭文件。爲了一致性這實際上應該在/usr/lib 下，但傳統上支持這個名字。
/usr/lib
程序或子系統的不變的數據文件，包括一些 site-wide 配置文件。名字 lib 來源於庫(library); 編程的原始庫存在/usr/lib 裏。
/usr/local
本地安裝的軟件和其他文件放在這裏。
/var文件系統
/var 包括系統一般運行時要改變的數據。每個系統是特定的，即不通過網絡與其他計算機共享。
/var/catman
當要求格式化時的 man 頁的 cache。man 頁的源文件一般存在/usr/man/man* 中；有些 man 頁可能有預格式化的版本，存在/usr/man/cat* 中。而其他的 man頁在第一次看時需要格式化，格式化完的版本存在/var/man 中，這樣其他人再看相同的頁時就無須等待格式化了。 (/var/catman 經常被清除，就象清除臨時目錄一樣。)
/var/lib
系統正常運行時要改變的文件。
/var/local
/usr/local 中安裝的程序的可變數據(即系統管理員安裝的程序)。注意，如果必要，即使本地安裝的程序也會使用其他/var 目錄，例如/var/lock 。
/var/lock
鎖定文件。許多程序遵循在/var/lock 中產生一個鎖定文件的約定，以支持他們正在使用某個特定的設備或文件。其他程序注意到這個鎖定文件，將不試圖使用這個設備或文件。
/var/log
各種程序的 Log 文件，特別是 login (/var/log/wtmp log 所有到系統的登錄和註銷) 和 syslog (/var/log/messages 裏存儲所有核心和系統程序信息。 /var/log 裏的文件經常不確定地增長，應該定期清除。
/var/run
保存到下次引導前有效的關於系統的信息文件。例如， /var/run/utmp 包含當前登錄的用戶的信息。
/var/spool
mail, news, 打印隊列和其他隊列工作的目錄。每個不同的 spool 在/var/spool 下有自己的子目錄，例如，用戶的郵箱在/var/spool/mail 中。
/var/tmp
比/tmp 允許的大或需要存在較長時間的臨時文件。 (雖然系統管理員可能不允許/var/tmp 有很舊的文件。)
/proc文件系統
/proc 文件系統是一個假的文件系統。它不存在在磁盤某個磁盤上。而是由核心在內存中產生。用於提供關於系統的信息(originally about processes, hence the name)。下面說明一些最重要的文件和目錄。
/proc/1
關於進程1的信息目錄。每個進程在/proc 下有一個名爲其進程號的目錄。
/proc/cpuinfo
處理器信息，如類型、製造商、型號和性能。
/proc/devices
當前運行的核心配置的設備驅動的列表。
/proc/dma
顯示當前使用的DMA通道。
/proc/filesystems
核心配置的文件系統。
/proc/interrupts
顯示使用的中斷，and how many of each there have been.
/proc/ioports
當前使用的I/O端口。
/proc/kcore
系統物理內存映象。與物理內存大小完全一樣，但不實際佔用這麼多內存；it is generated on the fly as programs access it. (記住：除非你把它拷貝到什麼地方，/proc 下沒有任何東西佔用任何磁盤空間。)
/proc/kmsg
核心輸出的消息。也被送到 syslog 。
/proc/ksyms
核心符號表。
/proc/loadavg
系統"平均負載"；3 個指示器指出系統當前的工作量。
/proc/meminfo
存儲器使用信息，包括物理內存和 swap。
/proc/modules
當前加載了哪些核心模塊。
/proc/net
網絡協議狀態信息。
/proc/self
到查看/proc 的程序的進程目錄的符號連接。當2個進程查看/proc 時，是不同的連接。這主要便於程序得到它自己的進程目錄。
/proc/stat
系統的不同狀態，such as the number of page faults since the system was booted.
/proc/uptime
系統啓動的時間長度。
/proc/version
核心版本。