總體來說，我國化肥流通體制發展大概經歷了以下三個階段：
a. 完全計劃管理階段（上世紀50年代—80年代初）
建國初期，國內化工基礎薄弱，化肥產量有限，爲平衡資源，國家實行供銷合作社的農業生產資料部門統一經營和調撥。
b. 計劃管理與市場配置相結合階段（80年代初—1998年）
1985年開始，化肥價格開始試行“雙軌制”；
1988年開始，各級供銷社的農業生產資料經營單位爲主渠道，縣以下農業“三站”和生產企業爲輔渠道的化肥專營體制度，即“一主兩輔”專營體制。
c．市場配置階段（1988年-至今）
1998年，國務院出臺《關於深化化肥流通體制改革的通知》，實行供銷社農資公司、農業“三站”和生產企業三條渠道共同經營；
2009年，國務院出臺《關於進一步深化化肥流通體制改革的決定》，取消化肥經營企業所有制性質限制，農資流通行業進入完全市場化階段。