政治結構的變化
- 強化備邊司職能：
* 以正統宰相爲中心，針對國防問題展開臨時性討論的機構
→ 壬辰戰爭後，備邊司成員擴充，主管事務逐漸蔓延到整個國政
→ 王權弱化，議政府與六曹機構開始變得有名無實
- 三司（司諫院、司憲府、弘文館）的職能變化：
* 朋黨利益關係的體現
→ 與其說是公論，不如說是重在維持己方勢力以及牽制對方勢力
- 銓郎權的濫用：
* 吏曹、兵曹銓郎擁有對中、下級官員的人事任免權
* 擁有推薦後任的權利（沈義謙、金孝元東西分黨的肇始即源於此）
→ 銓郎任免人事同樣首先考慮擴大己方勢力，並罷黜對方勢力
軍事制度的變化
- 中央軍的改編：
* 背景：16世紀以來，五衛[1]在軍役的代立[2]制度下逐漸喪失其職能
→ 因壬辰戰爭初期的潰敗，朝廷開始探索更有效的編制及軍事訓練方式
→ 設置訓練督監（職業式的常備軍）
* 增加軍營：17世紀末確立五軍營體制
→ 三軍門：訓練督監（1593）、御營廳（1623）、禁衛營（1682）
→ 首都外廓防禦：總戎廳（1624）、守禦廳（1626）
→ 成爲西人派勢力的軍事力量基礎
- 地方軍的防禦體系整改：
* 鎮管[3]體制（朝鮮初期）
→ 《制勝方略》體系（16世紀以後）
→ 壬辰戰爭後恢復鎮管體制；束伍軍[4]誕生
[1] 朝鮮前期的中央軍制，1566年五衛鎮撫所改稱五衛都總府，由中衛（義興衛）、左衛（龍驥衛）、右衛（虎賁衛）、前衛（忠佐衛）、後衛（忠武衛）
[2] 指有軍役或賦役義務的人，通過支付一定代價讓他人替自己入役的行爲。
[3] 朝鮮前期地方軍事組織。在沿海要地設置鎮，並組織有營鎮軍和騎船軍以抵禦外侵。
[4] 朝鮮後期（壬辰戰爭時）根據戚繼光《紀效新書》中的束伍法，由兩班、良人、公私賤人所編成的軍隊。平時各自從業生計，有需要時集結（如之後的丁酉再亂）。但由於兩班等的逃避，常民及奴婢的負擔變得更重。隨着五軍營制度的確立，束伍軍變得可有可無。於是漸漸有了收米法：良人20鬥、賤人10鬥。英祖時期，良人從束伍軍中除去，只留下賤人，結果在《續大典》中被稱作“賤隸軍”。