晚清四大謎團，似乎都與湘軍攻陷天京(今南京)及曾國藩匆忙處決李秀成有關。被抓捕的太平天國高級將領中，如英王陳玉成、幹王洪仁玕、冀王石達開等，行刑的方式均爲凌遲處死。甚至於，對待已死去的天王洪秀全，曾國藩還下令實施“炮決”，一炮給轟上了天。
犯人通常無法自行決定將要適用何種刑罰，特別是古代的朝廷重犯，其處置權多由朝廷掌握。即便事態嚴重、情況緊急，也該遵循程序，先上奏再由朝廷定奪。反觀處置李秀成，從抓捕到處決，僅用了十一天的時間，且處決方式一反常態。更蹊蹺的，是李秀成的囗供自述，也被曾國藩刪改撕掉了一部分。
李秀成被俘後與曾國藩接觸的十一天裏，究竟與曾國藩說過什麼？二人又是否達成了什麼協議？學界至今仍有爭議。李秀成死後，各種傳言不絕，幾大事件亦無不直指曾國藩牽涉其中。一是太平天國“聖庫”寶藏下落；二是曾國藩爲何修改刪除部分《李秀成自述》；三是“刺馬案”幕後指使；四是曾國藩與左宗棠交惡。
清朝同治三年(公元1864年)7月19日，湘軍攻入天京，李秀成眼見大勢已去，率一百多親信，攜幼主洪天貴福假扮清兵趁夜色突出重圍。李秀成親自斷後，在與攔截的清軍交手後與大部隊失散，逃至方山卻被八村村董陶大來認出，並在23日將其交給湘軍。
據清代薛福成《庸庵筆記》卷二記載: “李秀成被擒後，爲了脫身，表示‘若能導我至湖州，願以三萬金爲酬’，且與隨行的童僕，兩臂金條脫皆滿，又以一騎負箱篋，皆黃金珠玉寶貴之物，約值白金數十萬兩” 。
身在安慶的曾國藩在得知擒獲李秀成消息後，當即動身前往天京。而早在曾國荃率兵攻下天京後，就曾派人在天王府大肆找尋太平天國號稱“金銀如海、百貨充盈” 的財物，可掘地三尺，仍一無所獲。同時，嚴令進城將士: “凡發掘賊館窖金者，報官充公，違者治罪”。
據《湘鄉曾氏文獻》記載: “曾國荃侄女說過，九叔每克一名城，奏一凱旋，必請假回家一次，頗以求田問舍自晦”。事實上，李秀成被俘後，曾國荃就曾親自審問，其中的一項便是追問太平天國財寶的下落，甚至李秀成被“遍刺以錐，血流如注”。
咸豐九年(公元1859年)，曾國荃開始在湘鄉老家修建房屋，名爲“大夫第”，前後共花了8年時間才竣工，總面積約爲13萬平方米。若從時間跨度上看，最後的3年正好是打下天京後。至於曾國荃購置過多少的田地，一直有不同的說法。《湘軍志》說有上百頃(一萬畝)，《舊聞隨筆》又說沒這麼多，曾國荃的孫媳婦文杏卻說僅有屋三所、田六千畝。
曾國藩在打下天京並就清點財物及對李秀成等善後事宜的處理，給朝廷上了一道奏摺。據《曾國藩全集·奏稿七》記載: “城破之日，查封賊庫，所得財物，多則進奉戶部，少則留充軍餉，酌濟難民” 。 這裏的意思，是城破前也以爲太平天國“聖庫”裏仍有不少的錢財，甚至還一度對這批財物提前作好了分配方案。
不過，下一句卻寫道: “然克復老巢而全無財貨，實出微臣意計之外，亦爲從來罕聞之事。 ” 奏摺發出之時，李秀成已被處決，聖庫財物不知所蹤。而更令朝野上下炸鍋的，是聖庫離奇失火，已經“一焗成灰”。換言之，人證物證俱已滅失。
這樣的結果，朝中大臣自是無一人相信。心中的疑惑，按時下的說法，當是“鬼知道都經歷了什麼？”因此，不僅朝中重臣沈葆禎上奏彈賅，就連曾國藩的同鄉左宗棠也看不下去，不僅參與彈賅，還補上一刀，說洪秀全兒子洪天貴福並非如曾國藩奏摺所說的可能已死。
據左宗棠從天京逃出的難民口中瞭解到，天京城破，幼主洪天貴福由東壩逃至廣德，被太平軍將領黃文金迎入湖州府城，想借僞幼主名號，召集太平軍餘衆。朝廷得知後大爲震怒，要求曾國藩作出解釋。於是，曾國藩再上奏摺對左宗棠的指責予以駁斥，稱洪天貴福可能已死而黃文金爲糾合太平軍餘衆，故意編造謊言迷惑衆人，這是古來常有之事。
左宗棠當初曾爲曾國藩的幕僚，二人又一同組建“楚軍”，同爲老鄉共事多年，曾國藩更將其舉薦任浙江巡撫。據《曾國藩全集·書信》記載，曾國藩在寫給湖南各州縣公正紳耆的信中曾發誓，“惟有‘不要錢’，‘不怕死’ 六字時時自矢，以質鬼神，以對君父”。
按說，左宗棠對曾國藩的爲人及行事最爲熟悉，也有知遇之恩，爲何在打下天京後，連番彈賅，多少有點兒落井下石，痛打落水狗的意味。不過，後世的史家有猜測，這是二人意在打消朝廷顧慮，爲日後保存楚軍上演的一出雙簧。
可單憑難民的口供而捅出洪天貴福未死一事，至少是將曾國藩推入困境，畢竟指出曾國藩說謊無疑有涉嫌欺君之罪。而此事也成了歷史上著名的“曾左交惡之謎”的源頭，至今學界仍沒有一個統一的說法。
一波未完一波又起，朝廷隨後又發現曾國藩呈交的《李秀成自述》是刪減本，即諭曾國藩將原本詳細抄錄呈上。接諭旨後，曾國藩命人把李秀成自述的最後部分“招降十要” 、“天朝十誤” 和“防鬼反爲先” 等內容補抄送清廷。(《補抄李秀成親供》現存中國第一歷史檔案館)
1864年8月7日，李秀成在獄中寫下5萬餘字的供狀(即《李秀成自述》)後，於南京被殺害。曾國藩在看過自述後，先是進行刪改，後又撕毀其中一部分，祕密命人做成兩份，定名《李秀成親供》， 一份送清廷軍機處，一份送到安慶交給兒子曾紀澤。
並命兒子將其刊刻成書，即所傳“九如堂本”， 共計兩萬七千餘字，而李秀成手跡則一直藏於曾氏後人手中。 直到1963年，由曾國藩的曾孫曾約農在臺灣世界書局把李秀成自述原稿影印本公佈於世。較刻本多出９千多字，共計74頁。
曾國藩爲何要刪改和撕去部分李秀成自述，他究竟害怕什麼？即便內裏有什麼大逆不道甚至勸其反清的言詞，那也是李秀成的自述，與曾國藩沒有半毛錢的關係。並且，朝廷爲何只讓曾國藩將刪改的內容抄送，而不是直接提交原文？李秀成是否與曾國藩達成某項協議，以換取不被凌遲處死？
著名史學家羅爾綱先生對《李秀成自述》作了全面研究後認爲，曾國藩私自刪改李秀成自述原稿的地方共有四處: 一是關於洪秀全的死因。自述中說洪秀全是病死的，而曾國藩卻改成是因“官軍猛攻，服毒而死”；
二是修改李秀成被俘一事。李秀成被俘時隨身帶有許多珍珠寶物，是被村民認出而將其押送交給湘軍。 但曾國藩在原稿上用硃筆將其中7個字勾去，改爲“遂被曾帥官兵拿獲”，而抄送給朝廷的版本中，又改成“遂被曾帥追兵拿獲”；
三是修改李秀成護送幼主洪天貴福突圍的時間。原稿中寫道: “初更之後，舍死領頭衝鋒，由九帥放倒城牆而出，君臣捨命衝出關來。”曾國藩將“初”字改爲“四”字，將時間改爲“四更”，即從傍晚更改到凌晨；
四是刪改“天朝十誤”中的第十誤。原稿是:“誤立政無章。誤國誤命者因十誤之由而起，而性命無涯。”曾國藩直接用硃筆圈去。改爲: “十、誤不應專保天京，扯動各處兵馬。”按羅爾綱先生的解釋，這樣一改，至少掩蓋了李秀成被捕後曾與曾國藩進行過密議等。
早在曾國荃攻下天京後，清政府也想着希望能得到太平天國的藏寶，用以補充因連年征戰而日漸虛空的國庫。因此，派出僧格林沁和多隆阿到南京督促。但即便如此安排，不僅太平天國的藏寶查不出個子醜寅卯，就連曾國藩與李秀成密議的具體內容也不知曉。
而據清代趙烈文的《能靜居士日記》記載，湘軍“在僞天王府取出金銀不資，即縱火燒屋以滅跡” 。1866年5月19日的《上海新報》上則報道: “曾國藩的夫人由金陵回湖南，護送的船隻足有 200 多艘。”
兩處記載雖有專家質疑其可信度，但也有認爲，太平天國的藏寶，極有可能被曾氏兄弟分別藏於湖南婁底雙峯縣荷葉鎮的富厚堂，和天坪村白楊坪的曾國藩兩處故居。畢竟在廣東的韶關，至今仍留有一座“曾氏銀庫”。天京之役後，曾國荃有感羣疑衆謗而辭官回鄉，兄弟倆一手打造的湘軍也在一兩年內裁撤完畢。
同治九年七月二十六日(公元1870年8月22日)，兩江總督馬新貽親臨校場檢閱武職操練時，被兇手張汶詳刺殺身亡，即“刺馬案”，此案亦被稱作“清末四大奇案之一”。案情貌似簡單，可背後涉及清末官場的各股勢力交集，相互盤根錯節異常複雜。
以至於出現了幾度更換主審，同治皇帝甚至前所未有地在一天之內連發四道諭旨的情景。到了最後，案件又成了人人惟恐避之不及的燙手山芋。作爲一同會審的江蘇候補道孫衣言和山東候補道袁保慶，在案件奏結上奏中居然拒絕簽字畫押。
公元1871年3月26日，慈禧下達懿旨，確認兇手沒有幕後指使，同意奏結，案件到此結束，兇手張汶詳凌遲處死。詭異的一幕再次出現，本案主審之一由刑部指派的鄭敦謹竟然從江寧直接回鄉，稱病辭官，拒絕回京復旨。
坊間一直流傳，此案與曾國荃打下天京後發生的事件有莫大關係，嫌疑最大的，就是曾國藩。時至今日，“刺馬案”的幕後主使仍停留在揣測中。追本溯源，晚清四大謎團，都與湘軍攻陷天京後有關。
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