RNA二級結構(1)從pdb文件註釋RNA二級結構 介紹RNA二級結構 介紹RNA二級結構

介紹RNA二級結構

對於RNA的二級結構,最直觀的肯定是用圖片表示,示意如下:



圖片對於分析人員是特別直觀的,但是對於軟件而言,就無法識別了。爲了讓程序識別RNA二級結構,專門開發出了一種表示方式,用點號和括號這兩種符號來表示對應的二級結構。該表示方法就稱之爲dot-bracket notation, 其核心思想是利用配對的括號來表示鹼基的互補配對,用連續的點號來表示莖環結構,對於下圖所示的二級結構。



對應的表達式如下

(((..((((...)))).)))

從左下角第一個黑色圓點對應的鹼基開始,一開始是3個配對鹼基,所以先用3個(表示,接下來是莖環結構中未配對的兩個鹼基,用2個.表示,然後是4個配對鹼基,再然後是未配對的3個鹼基,再往後的配對鹼基與前面左括號(表示的鹼基相配對,所以用右括號)表示。這種表示方式只採用了兩種符號,而且都是計算機可以識別的符號,所以軟件也可以識別,在很多軟件和數據庫中,給出的二級結構都會用這種方式來表示。

介紹RNA二級結構

RNApdbee 2.0: multifunctional tool for RNA structure annotation


使用RNApdbee2.0來註釋RNA二級結構



上傳pdb文件,選擇默認參數,點擊run即可。



便可以得到dot bracket格式的RNA二級結構。
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