這是cbioPortal官網視頻的第二個教程。這個教程裏有部分內容是和第一講重複的。我並沒有把視頻裏所有的例子都截圖記錄，只記錄了我認爲重點的地方。如果有同學想看全部視頻內容，請前往這裏觀看。
首先在cBioPortal首頁，選擇MSK-IMPACT dataset。然後選擇“Query by gene”:
在框裏輸入ERBB2，點擊“submit query”：
這時會顯示ERBB2這個基因在所有cancer類型裏的突變情況（因爲MSK-IMPACT數據集是一個所有cancer類型混合的Dataset）：
如果你想看這個選定的基因在哪些cancer裏突變頻率高，可以使用“cancer types summary”，彈出來的這個柱形圖就是各個cancer裏該基因突變的rank：
通過修改樣品數，可以改變圖形展示的數量，比如，我要最少樣品數是50（默認值是10）：
進入“Mutation”部分，根據上一篇筆記記錄的，會顯示該基因在該dataset裏樣品中的突變位點以及頻率。在搜索框裏輸入關鍵詞，比如我輸入“lung”，只看ERBB2在lung cancer裏的突變：
點擊“add annotation tracks”，然後選擇“Post translation modifications”，可以查看組蛋白修飾：
如果你想知道某一個突變在染色體上的具體位置，可以設置：
這時就會顯示突變的具體位置，方便於你如果想在細胞裏進行突變或者deletion：
接下來，回到前面的所有cancer 類型的柱形圖，我們除了看該基因的突變rank，還可以大致的看一下ERBB2這個基因在這些cancer裏是“driver”，還是“passenger”。下面是我們之前見過的圖，鼠標放在第一個cancer類型，可以看到在食管胃癌裏ERBB2突變頻率25.81%，同樣我們可以看一下melanoma裏突變頻率是4.38%：
然後我們對這些突變進行過濾，把未知功能突變排除掉：
這時再看食管胃癌的突變頻率是25.22%，而melanoma裏只有1.64%，說明ERBB2這個基因的突變再食管胃癌裏幾乎可以說都是“driver”突變，而melanoma不同，因爲melanoma裏大多數ERBB2突變是passenger mutation：
關於driver mutations和passenger mutations可以參考文獻：Driver and Passenger Mutations in Cancer. Annual Review of Pathology: Mechanisms of Disease, 10(1), 25–50. doi:10.1146/annurev-pathol-012414-040312
如果你有自己的突變數據，也可以在cBioPortal進行可視化，這裏有2個免費的軟件可以使用，點擊“Visualize your data”，下面有Oncoprinter和mutationmapper：
選擇基因組，然後查看上傳格式，這裏支持3種格式，分別點擊它們就會在框裏顯示實例數據，你可以查看你的格式是不是相符：
