Athena++的Linux環境

什麼是Athena++

一個用於天體物理的磁流體力學模擬程序。athena++

安裝平臺

Athena++在MAC和Linux上都可以安裝，Mac的安裝就比較方便。我這裏主要介紹Linux上的安裝。所用的是WSL2-Ubuntu20.04.

所需要裝的軟件

1. gcc

sudo apt install gcc g++

2. openmpi

下載地址

下載tar.gz版本的就好

tar -vxf openmpi-4.1.1.tar.gz
cd <openmpi文件夾>
./configure --prefix=<指定路徑>
make
make install

路徑設置參見教程

3.hdf5

安裝hdf5之前先安裝zlib

下載hdf5

解壓，進入文件夾

CC=mpicc ./configure --prefix=<指定位置> --enable-parallel --enable-hl --with-zlib=<zlib路徑>
make
make install

注意：Athena++要編譯並行版本（enable-parallel）,關於找不到庫的解決方案

你可以在install之前make check一下，可能會有報錯。很老的問題了，也是隨機出現的，可以安裝箇舊版本的gcc編譯。我目前是沒管它，不影響我出數據。二進制的安裝包下下來的都不是並行版本，也是很苦惱。

安裝完之後記得在.bashrc設置下路徑

export LD_LIBRARY_PATH="/home/yihuan/software/hdf5/lib":$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=$PATH:"/home/yihuan/software/hdf5/bin"
export CPATH=:$CPATH:"/home/yihuan/software/hdf5/include"

補充

如果在Athena++運行的時候報找不到-lhdf5，那就在Makefile裏LDLIBS := -lhdf5的中間天上hdf5/lib的路徑LDLIBS :=-L/<路徑> -lhdf5

其實configure裏有 --hdf5 path [路徑]