2022-10-17 筆記 更新基礎conda，新版本conda使用起來更快

更新基礎conda，新版本conda使用起來更快

conda update -n base -c defaults conda

conda update r-base

Conda默認的源訪問速度有些慢，可以增加國內的源；另外還可以增加幾個源，以便於安裝更多的軟件，尤其是bioconda安裝生信類工具。conda-forge通道是Conda社區維護的包含很多不在默認通道里面的通用型軟件。r通道是向後兼容性通道，尤其是使用R3.3.1版本時會用到。

清華鏡像具體見https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/ (有時清華鏡像也不穩定，不穩定時直接用官方鏡像，早上下載速度還是好的)。

conda config --add channels r # Optional # Lowest priority
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge 
conda config --add channels bioconda 
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
# Anocanda清華鏡像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ 
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/cond-forge
# 清華通道, 最高優先級
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 
conda config --set show_channel_urls yes

注意通道的順序是會影響solving environment和軟件包下載的速度的。

# 顯示已有的通道
conda config --get channels

• 創建R環境 Reference1

# Create a new conda environment called r,並且在裏面安裝anaconda
conda create -n r anaconda

# Switch to r environment
source activate r

# 在新環境裏面安裝R Installs R
conda install -c r r

# Install R kernel for IPython notebook
conda install -c r r-irkernel

# Install ggplot
conda install -c https://conda.binstar.org/bokeh ggplot

# 最後退出新環境
source deactivate r

列出所有的環境

conda env list

# conda environments:
#
                         /anaconda2
                         /anaconda2/envs/lefse
                         /anaconda2/envs/metagenome_env
                         /anaconda2/envs/metawrap
                         /anaconda2/envs/prokka_env
                         /anaconda2/envs/py3
                         /anaconda2/envs/r-environment
                         /anaconda2/envs/reseq
                         /anaconda2/envs/sourmash_env
                         /anaconda3/envs/qiime2-2020.6

2.4.5 移除某個conda環境

如果環境不需要了，或出了錯，則可以移除。比如需要移除phylo環境，執行conda remove -n phylo --all。

2.4.6 Conda配置R

在添加了不同的源之後，有些源更新快，有些更新慢，經常會碰到版本不一的問題。而且軟件版本的優先級，低於源的優先級。保險期間，先做下搜索，獲得合適的版本號，然後再選擇安裝。

conda search r-essentials

r-essentials                 1.0                    r3.2.1_0  r               
                             1.0                   r3.2.1_0a  r               
                             1.1                    r3.2.1_0  r               
                             1.1                    r3.2.2_0  r               
                             1.1                   r3.2.1_0a  r               
                             1.1                   r3.2.2_0a  r               
                             1.1                    r3.2.2_1  r               
                             1.1                   r3.2.2_1a  r               
                             1.4                           0  r               
                             1.4.1                  r3.3.1_0  r               
                             1.4.2                         0  r               
                             1.4.2                  r3.3.1_0  r               
                             1.4.3                  r3.3.1_0  r               
                             1.5.0                         0  r               
                             1.5.1                         0  r               
                             1.5.2                  r3.3.2_0  r               
                             1.5.2                  r3.4.1_0  r               
                             1.6.0                  r3.4.1_0  r               
                             1.0                    r3.2.1_0  defaults        
                             1.0                   r3.2.1_0a  defaults        
                             1.1                    r3.2.1_0  defaults        
                             1.1                    r3.2.2_0  defaults        
                             1.1                   r3.2.1_0a  defaults        
                             1.1                   r3.2.2_0a  defaults        
                             1.1                    r3.2.2_1  defaults        
                             1.1                   r3.2.2_1a  defaults        
                             1.4                           0  defaults        
                             1.4.1                  r3.3.1_0  defaults        
                             1.4.2                         0  defaults        
                             1.4.2                  r3.3.1_0  defaults        
                             1.4.3                  r3.3.1_0  defaults        
                             1.5.0                         0  defaults        
                             1.5.1                         0  defaults        
                             1.5.2                  r3.3.2_0  defaults        
                             1.5.2                  r3.4.1_0  defaults        
                             1.6.0                  r3.4.1_0  defaults        
                             1.5.2                  r3.3.2_0  conda-forge     
                             1.5.2                  r3.3.2_0  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 

從上面可以看到清華的源版本同步於conda-forge, 都比較老，還是指定r通道安裝。

conda install -c r -n r r-essentials=1.6.0

R會安裝於conda_path/envs/r/bin中，軟鏈到位於環境變量的目錄中即可正常使用。這就是環境變量的活學活用。

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關於C語言學習書籍，最最權威的當然是C語言的發明者Dennis M. Ritchie所著的《The C Programming Language》（它也有中文版的），除此之外《C Primer Plus》也很系統全面。

關於C++的學習書籍，最權威的當屬C++的發明者Bjarne Stroustrup大佬所著的《The C++ Programming Language》，但是很明顯這本書不適合初學者，更加適合的還得是《C++ Primer》，也很系統全面。至於再深入可以繼續閱讀諸如《Effective C++》、《STL源碼剖析》、《深度探索C++對象模型》等書籍。