前文已述,魏晉南北朝時期六朝建都南京,這汪湖水也進入了它在歷史上的鼎盛時期。那時的作爲首都,地位顯赫,玄武湖與長江連通,面積是現在的4倍,它成了皇家園林,是封建帝王的遊樂之地,並且還成了爲實現北伐夢想用來訓練水軍的場所。
公元588年隋滅陳,自漢末以來續存了四百年的亂世至此終結,中華大地再度統一。
可到了隋唐兩代,隨着政治中心的北移,南京的城市地位一落千丈,玄武湖也被冷落,不再像六朝時那麼重要。
然而就在隋朝時,玄武湖經歷了第一次滅頂之災。
隋文帝滅了南陳之後,曾下令將南京城夷平,玄武湖就在這個政策下首度消失了兩百多年。