原创 Bio-protocol首屆生物實驗短視頻大賽

Bio-protocol踐行“共享實驗方法,提高科研的可重複性”的宗旨,與Science/AAAS等多家國際權威學術期刊共同搭建權威、高質量的生物實驗方案分享平臺。現特舉辦首屆生物實驗短視頻徵集大賽!(徵集內容詳見下文) “一圖勝千言”

原创 微生物組-宏基因組分析第8期(報名直播課免費參加線下2020.7,早鳥價僅剩1周)...

福利公告:爲了響應學員的學習需求,經過易生信培訓團隊的討論籌備,現決定安排擴增子16S分析、宏基因組、Python課程和轉錄組的線上直播課。報名參加線上直播課的老師可在1年內選擇參加同課程的一次線下課 。期待和大家的線上線下會晤。目前可

原创 6月20日截止,請勿錯過熱心腸獎學金!

熱心腸獎學金是由熱心腸研究院於 2019 年推出的獎學金計劃,每年評選一次。該計劃旨在發掘、支持和鼓勵優秀的中國學生,培養中國腸道領域學術及研發後備人才。首期熱心腸獎學金已於 2019 年 5 月 4 日頒發給了 34 名在校碩博生。受

原创 ISME:高手開槓-‘1%的微生物可培養’到底爲哪般?

高手開槓-‘1%的微生物可培養’到底爲哪般?(1)主要羣落中高比例的細菌可培養High proportions of bacteria are culturable across major biomesThe ISME Journal

原创 Nature:Gordon組採用甘露糖苷選擇性抑制尿路致病性大腸桿菌

歡迎點擊「宏基因組」關注我們!專業乾貨每日推送!《Selective depletion of uropathogenic E. coli from the gut by a FimH antagonist 》是Jeffery I. G

原创 212.樣本量和測序深度的Alpha多樣性稀釋曲線

樣本量和測序深度的Alpha多樣性稀釋曲線本節作者:劉永鑫,文濤版本1.0.1,更新日期:2020年6月22日本項目永久地址:https://github.com/YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot ,本節目錄

原创 221.Beta多樣性PCoA和NMDS排序

Beta多樣性與PCoA和NMDS排序本節作者:文濤,劉永鑫版本1.0.4,更新日期:2020年6月27日本項目永久地址:https://github.com/YongxinLiu/MicrobiomeStatPlot ,本節目錄 22

原创 MetagenoNets:在線宏基因組網絡分析實操教程

宏基因組研究中網絡分析已經十分普及,但卻缺少整合的分析方法,限制了廣大同行的使用。關於網絡分析的基本步驟,和現在工具的比較,詳見原文解讀 - NAR:宏基因組網絡分析工具MetagenoNets本文將介紹在 MetagenoNets 網

原创 Nature綜述:臨牀宏基因組學的應用與挑戰

導讀臨牀宏基因組學(mNGS)是對患者樣本中微生物和宿主遺傳物質(DNA和RNA)進行綜合分析的一種新興的診斷技術,這種新興的方法正在改變醫生診斷和治療疾病的方式,其應用範圍廣泛,其應用範圍包括抗菌素耐藥性研究、微生物組學、人類宿主基因

原创 臨牀試驗中樣本量確定的統計學考慮

樣本量確定(sample size determination),又稱樣本量估計(sample size estimation),是指爲滿足統計的準確性和可靠性(I類錯誤的控制和檢驗效能的保證)計算出所需的樣本量,它是臨牀試驗設計中一個

原创 Microbiome: 再論擴增子功能預測分析(Picrust)的效果

Picrust作爲擴增子測序功能預測的工具已經被廣泛使用了。但是它會與真實情況存在較大的偏差,詳見前文對Picrust侷限性的介紹:PICRUSt不靈啦?別慌,它一直都不咋靈~此文中我推斷預測的準確性和測序深度有很強的關係。Picrus

原创 海南大學2020年申請考覈博士研究生招生工作辦法

海南大學2020年申請考覈博士研究生招生工作辦法時間: 2020/6/19 18:14:00 來源:研究生處爲建立與國際接軌的博士研究生招生選拔制度,鼓勵拔尖創新型人才脫穎而出,進一步提高海南大學博士研究生培養質量,滿足社會發展對高層次

原创 ISME:污水廠抗性組受細菌組成和基因交換驅動且出水中抗性表達活躍(西湖大學鞠峯))...

污水廠抗性組受細菌組成和基因交換驅動且出水中抗性表達活躍原英文標題:Wastewater treatment plant resistomes are shaped by bacterial composition, genetic e

原创 Nature子刊:微生物來源分析包SourceTracker

前一陣我們翻譯Rob Knight的綜述,1.8萬字,讓你熟讀2遍輕鬆握掌微生物組領域分析框架、把握未來分析趨勢。目前在宏基因組平臺累計1.9萬人次,熱心腸平臺首發閱讀8500+,科學網加精置頂閱讀8700+,CSDN閱讀1200+,四

原创 Microbiome:南京農大團隊在粘細菌捕食的生態學功能方面取得重要進展

掠食性粘細菌通過調節土壤微生物羣落來控制黃瓜枯萎病A predatory myxobacterium controls cucumber Fusarium wilt by regulating the soil microbial co