原创 InterProScan 5.19版本以後提示 /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found
InterProScan 5.19版本以後提示 /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14’ not found。包括5.20 5.21 5.22 5.23等。 如果出現這個錯誤，可行的解決辦法是：
2020-02-22 19:43:24
原创 兩個文件的合併
兩個文件的合併 分別有文件一和文件二，文件一和文件二都有一列內容是相同的。根據此列內容可將兩者結合起來。 文件一的格式如下 AEGTA04333 LOC_Os01g33520|LOC_Os01g33520.1 2.70E-2
2020-02-22 19:43:24
原创 解決 libdl.so.2 not find
libdl.so.2 glibc-2.14/build/elf/sprof `GLIBC_2.14' not found strings /lib64/libc.so.6 | grep GLIBC GLIBC_2.2.5 GLI
2020-02-22 19:43:24
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原创 The pangenome of hexaploid bread wheat
The pangenome of hexaploid bread wheat 今天看到這樣一篇文章，着實高興了一番。在小麥參考基因組剛剛公佈，文章還未發表的情況下，突然跳出了一篇小麥宏基因組的文章，讓人不得不得感嘆，這都是什麼
2020-02-22 19:43:24
原创 刪除 setup.py 安裝的 Python 軟件包
刪除 setup.py 安裝的 Python 軟件包 在 CentOS 5.5 上通過 setup.py 安裝了一個軟件包。刪除的時候發現 setup.py 沒有 uninstall 選項。 增加 –record 參數重新安裝
2020-02-22 19:43:24
原创 李文星事件誰該反思？
李文星事件誰該反思？ 看到這樣一條新聞，心裏實在不爽。仔細一看事發地是天津，突然變得非常憤怒。說起天津，最近幾年的公衆對它的印象如何？我不經常看新聞，刷微博等，朋友圈也是最近偶爾刷刷看。說起天津，有兩件事印象深刻，第一就是天津大爆炸，第二
2018-08-21 23:05:33
原创 第一個接近完整的六倍體小麥基因組
第一個接近完整的六倍體小麥基因組 今天在bioRxiv看到剛在線的有關小麥基因組的文章。文章題目是“The first near-complete assembly of the hexaploid bread wheat genome,
2018-08-21 23:05:32
原创 如何搭建一個網頁版的BLAST服務器
如何搭建一個網頁版的BLAST服務器 胖丫今天跟我說：“師兄，再來給我調調網絡唄？公共BLAST服務器太慢了，半天刷新不出來！”我說：“我們這是百兆寬帶到桌面，刷新慢不是網絡的問題，是你離人家的服務器太遠了！L”胖丫一臉委屈的說：“要
2018-08-21 23:05:32
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原创 修改文章那些事
修改文章那些事 今天是週末。8：10鬧鈴響了，關了，繼續設置了30分鐘的倒計時，結果睜眼時已然9：50，匆忙起來洗刷下往實驗室趕，今天相對往常確實晚了一些。在路上，收到老闆的短信，讓我找他一下，心裏咯噔一些，今天來晚了被注意到
2018-08-21 23:05:22
原创 計算CDS中密碼子的數量
看到一個現金求助的題目： http://www.timedoo.com/task-id-1194.html 代碼如下： #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- __author__ =
2018-08-21 23:05:21
原创 Sambamba: process your BAM data faster!
Sambamba: process your BAM data faster! 對於很大的(>100G)的bam文件，排序時間很慢不說，往往需要1天或更多的時間，但結果還會出錯。如下邊的錯誤. 經測試Sambamba表現較好，能夠節省
2018-08-21 23:05:20
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原创 RNA_seq表達分析
輸入文件 input_v1.0.txt （三列，分別是 *.1.fastq.gz,*2.fastq.gz , *.sam） hisat2運行參數與流程（hisat2_IWGSCv1.0.py） #!/usr/bin/env python
2018-08-21 23:05:15
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原创 基因表達模式聚類以及可視化
最近在使用RNA_seq數據做些分析，結果得到了大量差異表達以及共表達的基因，如何合理展示這些基因也是一件不簡單的事情。除了常見的熱圖(heatmap)展現形式,今天在推薦另外一種展示方式(下圖C)。 需要R包TCseq或者Mfuzz。
2018-08-21 23:05:15
原创 體外應用Cas9系統實現對上百kb的基因組片段的靶向克隆
2015年的時候看到這樣篇論文，瞭解到Cas9可以進行體外酶切。 清華大學生命科學學院朱聽研究員課題組在《自然-通訊》上在線發表了題爲《CATCH技術實現大型基因簇一步法靶向克隆》（Cas9-Assisted Targeting of C
2018-08-21 23:05:15
原创 使用SnpEff 對SNP結果進行分析
SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes
2018-08-21 23:04:59
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