原创 生信常用軟件

1.序列比對軟件: http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_sequence_alignment_software 2.測序質量評估: http://seq.cn/forum.php?mod=viewth

原创 Unigene build produce(NCBI)(原文)

Genome-Based UniGene Build Procedure The availability of genomic sequence is helpful for identifying sets of transcri

原创 NCBI:UniGene數據庫

基於轉錄組的數據分析,UniGene是一個不可多得的資源,他將mRNA、EST序列以及功能gene進行整合,很容易明白EST、mRNA等轉錄組數據與gene的關係,同時通過EST所附帶的信息,統計了基因的表達譜。UniGene參考了轉錄

原创 RNA測序研究現狀與發展

RNA測序研究現狀與發展  : RNA測序(RNA-seq)是最近興起的一種基因表達研究技術,不僅可以對基因表達的情況進行整理、歸類(cataloging),也可以對基因表達情況進行比較。國際RNA測序基因組註釋評價項目協會(

原创 測序中常用的術語

SBS:邊合成邊測序反應,每次SBS會延伸一個鹼基,大約耗時70分鐘。 Run:單次上機測序反應,可以產生4G-75G測序通量不等。 Lane:單泳道,每條泳道可以直接物理區分測序樣品,1次run最多可以同時上樣8條Lane。 Chan

原创 NCBI:Refseq

NCBI的參考序列計劃(RefSeq)將爲中心法則中自然存在的分子,從染色體到mRNA到蛋白提供參考序列標準。RefSeq標準爲人類基因組的功能註解提供一個基礎。它們爲突變分析,基因表達研究,和多態發現提供一個穩定的參考點。 範圍:目前,

原创 生物信息常用數據庫

NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 美國國立生物信息中心

原创 Unigene build produce(NCBI)(譯文)

UniGene是從屬於GeneBank的一部分,專門收集非冗餘性的基因來源的clusters數據。每一個UniGene Cluster包含代表單一基因的序列和相關的信息,例如基因表達的組織類型和圖譜定位信息。 除了這些具有具有特徵的序列以

原创 一個新基因的產生

一個新基因的產生,不僅僅是產生一個新的基因序列,其對應的調控機制和調控原件也應該伴隨產生,不然這個基因就是個不受調控的基因,對生物體造成不可逆的傷害

原创 印記基因

最近在做雜交方面的轉錄組,無意中看到了印記基因(imprinted gene),覺得有用,收集資料,備用。 http://users.rcn.com/jkimball.ma.ultranet/BiologyPages/I/Imprinti

原创 轉錄組測序分析中cufflinks的使用及問題

在轉錄組高通量測序數據分析過程中,主要就是轉錄本的構建(拼接)及表達水平的衡量,其次還包括可變剪接之類的轉錄後修飾等研究分析。因此,做過RNA-seq轉錄組測序數據分析的童鞋們一定使用過或至少聽說過Cufflinks這個軟件。 Cuffl

原创 技術篇--shell中只列出目錄的方法

在shell中列出目錄有四種方法: 1.  ls -d */ 2. ls -F | grep "/$"      當使用-F時,所有的輸出項都會添加上一個代表文件類型的字符,如@、*、|等。對於目錄項,添加的是 / 字符。可以用grep過

原创 同源基因查找軟件OrthoMCL的使用

OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/)主要用來找直系同源基因以及旁系同源基因。它主要在比較完整的基因組之間找直系同源基因。OrthoMCL的使用主要13步,可以參考doc/OrthoMCLEngi

原创 Perl--匹配字符串並返回匹配位置

http://liucheng.name/1285/

原创 基因敲除小鼠技術

轉基因、基因敲入/敲除動物技術已經成爲現代生命科學基礎研究和藥物研發領域不可或缺的重要技術,該技術從上世紀七八十年代誕生以來,至今已有近四十年的歷史,經典技術如DNA原核顯微注射、胚胎幹細胞顯微注射技術一直以來經久不衰,在小鼠模