原创 批量從NCBI後臺下載指定數據的Perl腳本
最近需要在NCBI中下載所有Xanthomonas屬菌株對應的gbk文件，由於NCBI前臺gbk數據已經改版，故打算從後臺ftp.ncbi.nlm.nih.gov下載。寫了個Perl腳本用於批量下載NCBI後臺數據，有這方
2018-09-01 20:40:32
原创 perl中LWP與WEB的基本使用
perl中LWP與WEB的基本使用 取自 PerlChina.org - wiki LWP 與 WEB 的基本使用 翻 譯：qiang 審 校：klaus 出 處：中國 Perl 協會 原 名：Web Basics with LWP
2018-09-01 20:40:29
原创 如何批量轉換gi至ko
最近分析轉錄組數據，自己倒騰着做KEGG pathway的富集分析（許多轉錄組文章都是用KOBAS數據庫http://kobas.cbi.pku.edu.cn/home.do來做KEGG pathway的富集分析，但是該網
2018-09-01 20:40:29
原创 差異表達與聚類分析
轉自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101jn7v.html 在鑑定出ncRNA後，我們如何推斷其可能的生物學功能呢？首先對於miRNA等作用機制比較清楚的ncRNA，我們可以參考其作用機
2018-09-01 20:40:29
原创 RNA-Seq數據分析
轉自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101jl08.html 從原始的數據開始，進行reads回帖，到拼接轉錄本，計算表達量，分析差異表達，最後可視化分析結果。 TopHat是一個把
2018-09-01 20:40:29
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原创 SOLiD測序原理及實驗流程
SOLiD測序原理及實驗流程 SOLiD使用連接法測序獲得基於“雙鹼基編碼原理”的SOLiD顏色編碼序列，隨後的數據分析比較原始顏色序列與轉換成顏色編碼的reference序列，把SOLiD顏色序列定位到reference上，同時
2018-09-01 20:40:29
原创 生物序列局部比對之Blast算法
生物序列局部比對之Blast算法 算法基本原理：Blast算法是1990年由Altschul等人提出的兩序列局部比對算法，採用了一種短片段匹配算法和一種有效的統計模型來找出目的序列和數據庫之間的最佳局部比對效果。Blast算法是一種基於
2018-09-01 20:40:29
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原创 幾種clean data的軟件用法
#幾種clean data的軟件用法： ============================================================== 一、read quality cont
2018-09-01 20:40:29
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原创 RNA-seq差異表達分析工作流程
RNA-seq差異表達分析工作流程 原文地址： http://blog.sina.com.cn/s/blog_74cbb8e80101gqkc.html 需要使用到的工具： TopHat Cufflinks Sam
2018-09-01 20:40:28
原创 Cufllinks的安裝與使用
轉自：http://www.chenlianfu.com/?p=623 一. 簡介 Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等幾支主要的程序。主要用於基因表達量的計算和
2018-09-01 20:40:28
原创 Small RNA測序
背景： SmallRNA（小分子RNA）存在於真核生物細胞核和細胞質中，SmallRNA在細胞的生長、發育、代謝等基礎生物學過程中扮演着重要的角色，甚至在癌症等相關疾病形成過程中起着關鍵的作用。 SmallRNA是一類高度保守的長度在18
2018-09-01 20:40:28
原创 Illumina Hiseq 2500型和2000型測序儀的比較
原文來自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_53e7471b0101bqw2.html 儀器升級： Hiseq 2500是Hiseq 2000的升級版。 其主要的改進點是：Hiseq 2500可以在快速
2018-09-01 20:40:28
原创 CAZyme註釋
CAZyme的數據來源於CAZyDB：www.cazy.org; 對CAZyme的註釋主要使用dbCAN：http://csbl.bmb.uga.edu/dbCAN/。 對CAZyme的註釋步驟如下： 1. 從dbCAN中下載HMMs數據
2018-09-01 20:40:28
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原创 ubuntu無法應用原保存的顯示器配置
打開ubuntu之後的開啓頁面出現： 所選模式均不匹配可能的模式：爲 CRTC 63 嘗試模式CRTC 63：嘗試 800x600@60Hz 模式輸出在 1366x768@60Hz (通過 0)CRT
2018-09-01 20:40:24