原创 彈性變形，圖像採樣與形變場可視化
文章目錄採樣變形場可視化變形與可視化實例STN(Spatial Transformer Network) Dense Deformation（Elastic deformation）的採樣與可視化 對於採樣(sample)而言，分
2020-06-22 02:26:46
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原创 keras pytorch 構建模型對比
使用CIFAR10數據集，用三種框架構建Residual_Network作爲例子，比較框架間的異同。 文章目錄數據集格式pytorch的數據集格式keras的數據格式輸入網絡的數據格式不同整體流程keras 流程pytorch 流
2020-06-09 04:49:29
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原创 Selective Search與Graph-Based Segmentation python實現（一）
在用深度學習做完腫瘤分割後，因爲需要對比實驗，所以當時（2019-4-13）在傳統方法裏找到過Felzen的Graph-Based Segmentation，而且那個時候還混淆了Graph-Cut分割和Graph-Based分
2020-06-09 04:49:29
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原创 計算機視覺，深度學習, tensorflow 知識雜記，經驗教訓(持續更新)
以前隨手的記錄本子上的內容，在這篇文章裏做一個彙總，方便以後查看。 經驗教訓： 1、輸入網絡的圖像一定要先隨機批量查看！！，如果網絡的loss很大或者有奇怪的結果時，不僅要檢查網絡結構，還要看輸入是否在預處理的時候遭到了破壞 de
2020-06-09 04:49:29
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原创 醫學圖像預處理（一）——讀取圖片(dcm,nii,PIL,skimage,cv2)
總結一下目前遇到的一些醫學圖像預處理步驟，但纔開始自學兩週，所以很多東西或許不對或者不全面，以後爭取每兩週回顧以前的文章，將內容完善，並提高質量。（2019-3-5） 由於篇幅原因，將預處理的步驟分開來，這一篇將總結讀取圖片的方法
2020-06-09 04:49:29
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原创 FCN 中metric的深入理解與對應代碼
首先來看一下原始論文的描述： 一開始我對n_ji和n_ij的理解挺繞的。後來理清楚了之後發現很簡單： ∑inii\sum_{i}n_{ii}∑inii 即class i 被正確分成了class i。 True Positiv
2020-06-09 04:49:29
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原创 醫學圖像分割 基於深度學習的肝臟腫瘤分割 實戰(一）
在之前的一篇博客裏：醫學圖像分割 unet實現(一)，是學習並復現別人的實驗。這篇將記錄下自己畢設第一階段的實驗。畢設題目爲：基於深度學習的肝臟腫瘤分割。 經過幾番調整，最終確定：第一階段分割出腹部圖像中的肝臟，作爲第二階段的RO
2020-06-09 04:49:29
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原创 python matplotlib需要注意的坑
僅是臨時記錄一下，避免忘記 當plt有subplot時，注意數據格式要按要求，要麼是0-1的浮點數，要麼是0-255的整數，若sbuplot有兩幅圖時，一副是0-255符合規範的整數，另一幅是0.0-255.0不符合規範的浮點數，
2020-06-09 04:49:29
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原创 根據mask繪製contour ，bounding box。批量展示圖片 等工具函數
根據mask繪製contour import cv2 import numpy as np import SimpleITK as sitk dcm_file = r'G:\data\3Dircadb\3Dircadb1.3\
2020-06-09 04:49:29
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原创 Otsu算法原理與python實現
[注：下面公式所涉及的是帶權重的均值與方差，一開始我並不明白爲什麼要這樣做，還去查了關於帶權重與不帶權重計算均值或方差的區別，後面發現，應該是因爲該算法的計算是基於概率分佈，而概率分佈意味着這是一個可以根據概率，產生無數樣本的po
2020-05-11 02:54:54
原创 給定概率密度，生成隨機數 python實現
實現的方法可以不止一種： rejection sampling invert the cdf Metropolis Algorithm (MCMC) 本篇介紹根據累積概率分佈函數的逆函數(2：invert the CDF)生成
2019-08-09 21:53:08
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原创 voxel 轉換爲 patient coordinate（python實現）
dcm 其實自己感覺還未完全理解（博客內容若有錯誤請指出），先記下來，等答辯、課題等事情弄好再重新學習並補充。 一些基礎概念別人博客已經寫的很好了，我理解的關鍵點爲： 1、病人座標系的xyz定義方向爲LPS(並非所有的，一些集成3
2019-06-11 01:31:39
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原创 unity 物體圍繞自身中心旋轉而非軸心
unity完全新手，爲了完成任務而學。博客僅是記錄，若有錯誤望指出。 目前的情況是：需要對醫學圖像分割後進行三維重建，先直接由ground-truth作爲測試。 ground-truth爲.nii文件，在matlab中轉化爲.ob
2019-06-11 01:31:39
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原创 Ubuntu 啓動 tensorboard 報錯 locale.Error: unsupported locale setting
網上的一些辦法試了並不能解決問題，最後是論壇裏找到解決辦法的。 即，我是用macos的terminal終端ssh連接，其會有自動編碼的默認選項，需要去掉勾選 論壇上找到的可行方案： 去掉勾選後打開新的terminal，在服務器重新
2019-05-13 23:03:04
原创 人工智能，人工神經網絡，機器學習，深度學習，卷積神經網絡 時間與邏輯關係
這算是解開自己的疑惑，因爲網上說法不一。自己去總結了一下，回過頭來看其實別人說的也沒錯。因爲這些概念在時間起源上的順序不一定就是它們演化後的邏輯關係。。因此爲了說明白，將從時間上和邏輯關係上分別說明。 （注：自己僅是花了1一個小時不到
2019-05-07 15:28:15
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