原创 要做空間轉錄組技術需要了解的幾個基本數據
1.能做多少個樣本？ Visium基因表達玻片上有4個捕獲區域。實際上4個區域是一次性都要檢測的，因此樣本數最佳是4的倍數。每個捕獲區域的大小是6.5mm乘6.5mm（注意是毫米）。因此要仔細的規劃待檢樣本的大小和位置。如果樣本的大小小
2021-01-19 01:50:27
原创 空間轉錄組--2020年年度技術學習摘引筆記 1. 什麼是空間轉錄組 2.技術發展 3.基本原理 4. 應用 5. 參考資料
1. 什麼是空間轉錄組 空間轉錄組是一種用於從空間層面上解析RNA-seq數據的技術，從而解析單個組織切片中不同空間位置上的mRNA的表達信息。 與單細胞RNA測序或組織樣本RNA測序相比，通過空間轉錄組技術可獲取組織中具體位置的轉錄信息，
2021-01-16 01:51:57
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原创 免疫治療時代的免疫耐受
這兩天，我們中心的大“core”爲大家推薦了一篇文章（Bluestone, Jeffrey A., and Mark Anderson. “Tolerance in the Age of Immunotherapy.” Edited
2020-11-18 15:26:33
原创 “壯志飢餐胡虜肉，笑談渴飲匈奴血”
大家都知道，這兩句詞來自於岳飛的千古名篇《滿江紅·寫懷》。今天聽到了一個故事（喜馬拉雅上的大力史的節目，免費的，大家有興趣可以聽一下），終於知道了這兩句話原來來自一段悲壯的歷史，來自一羣雖形銷骨立但氣壯山河的漢人先祖。 故事的主人公
2020-07-15 19:09:56
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原创 多組學研究文章（二） 作者 主要科學問題 主要研究方法和實驗結果 主要機制的說明圖 品評
Qi, X. et al. Gut microbiota–bile acid–interleukin-22 axis orchestrates polycystic ovary syndrome. Nat Med 25, 1225–123
2020-06-16 16:51:50
原创 假裝會寫國家自然基金課題之摘要 下面介紹一個摘要的書寫方法 分配寫作權重 總結
想必大家都聽申請成功的專家談過，自然基金課題摘要寫的好不好，對能否中標影響很大。對於摘要書寫問題，強調在強調也不爲過。2019年的課題申請到了衝刺階段了，其他部分也不可能大改了，因此這裏就淺談一下摘要的書寫吧。靈感來自於個人
2020-06-16 16:51:50
原创 用ggplot將多個數據集繪在一個圖上以及雙標軸問題 用ggplot將多個數據集繪在一個圖上以及雙標軸問題
用ggplot將多個數據集繪在一個圖上以及雙標軸問題 在繪圖時有時需要將不同的數據集的數據繪製在同一個圖上。舉個例子，例如醫學上的把患者的AST、ALT、病毒載量等不同的指標繪製在一個圖上來觀察這些指標變化趨勢的相關趨勢。還有就是在圖上標記
2020-06-16 16:51:50
原创 多組學在病毒感染研究中的應用論文（一） 作者 背景 方法 主要結果 討論 補充
Lupberger, J. et al. Combined Analysis of Metabolomes, Proteomes, and Transcriptomes of Hepatitis C Virus-Infected Cell
2020-06-16 16:51:50
原创 用ggplot2做一個箱圖--寫給剛剛開始用ggplot2作圖的同仁
作圖思路 首先要設計好需要作圖類型。我展示組與組之間比較某一指標的差異的情況比較多，這個一般選用箱圖。但是爲了表達更多的信息，有時也會把單個數據以點圖的形式疊加展示出來。 一般不同的組都會用不同的顏色表示，這樣顏色的搭配就成爲了一個問題，
2020-06-16 16:51:50
原创 R + Adobe Illustrator組圖不要太方便呀
做學術的童鞋最後要把結果彙總成統計圖表拿去發表是科研的階段性終點。從我個人來講，以前是用到graph pad作圖。應該說graph pad非常好，直接就能出符合科研要求的美觀的統計圖。現在用R和Adobe Illustrator來作圖和組圖
2020-06-16 16:51:49
原创 Evernote和Onenote
在筆記類的應用中，這兩個是我用的比較多的。起初用的是Evernote，覺得還不錯。後來是因爲買了微軟office365的服務，其中就包括Onenote，所以才逐漸用起了後者。起初不覺得筆記類應用有什麼用。現在覺得對於我這個健忘症患者，有條理
2020-06-16 16:51:49
原创 2019-04-03
用ggplot將多個數據集繪在一個圖上以及雙標軸問題 在繪圖時有時需要將不同的數據集的數據繪製在同一個圖上。舉個例子，例如醫學上的把患者的AST、ALT、病毒載量等不同的指標繪製在一個圖上來觀察這些指標變化趨勢的相關趨勢。還有就是在圖上標記
2019-04-03 15:16:40
原创 RMarkdown調整文字、表格等格式的命令彙總（持續更新）
爲了使得Rmarkdown的輸入文本更易於閱讀和美觀，需要進一步的對文本的段落格式等等進行調整。下面是作者遇到和想到的相關問題和查詢的解決方法。作者之後遇到相關的問題還會繼續更新本文。 首行空兩格 在分段落時會遇到需要首行縮進的問題
2019-03-20 13:53:50
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原创 R中map循環函數學習
雖然對於R語言的使用者來說，For循環函數比較容易理解也比較容易寫，但是對於其他閱讀這一腳本的人來說，For循環的可閱讀性較差，可能會需要一點時間才能理解。R語言基礎包提供了apply族函數，可以以優雅的方式運行循環。同時tidyver
2019-03-09 13:22:57
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原创 用R語言檢索文獻並簡單整理信息
起因：在工作中需要閱讀文獻，其中的一些基本信息，例如文章作者，發表刊物，影響因子等，自己懶，不想一一整理基本利用思路：利用R語言中的RISmed包檢索並進行返回需要的基本信息，如第一作者，責任作者，作者單位，發表期刊，這些都是RISmed包
2019-03-09 13:22:57
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