原创 PTK(Pulmonarytoolkit)環境搭建與 ITK4.13+VS2015的配置

Github來源: https://github.com/tomdoel/pulmonarytoolkit 環境準備: *matlab>=R2011a *C++編譯器(VS2015) *Matlab圖像處理工具包 *Matlab

原创 構建2D U-net來做BraTS2019

研二了,第一次用深度學習做分割,感覺自己落伍了好多,方向是圖像處理,一直在用傳統法拼拼湊湊,同學都說深度學習要發文章得有好的數學基礎,自知數學基礎差的情況下還是要接觸一下的,畢竟萬事開頭難,不學習就永遠不會,記錄一下自己的學習過程

原创 踩坑:Libtorch實現U-ne在C++上對BraTS2019數據集的分割任務部署

根據項目組要求,最近用Pytorch完成了U-net訓練BraTS2019數據的任務,輸出模型並在C++上重現部署,簡單說說我遇到的坑,可按目錄瀏覽: libtorch中大大小小的坑:- 模型轉換問題- tensor是nan的值-

原创 Python與matlab關於二進制圖片文件讀取

本文給出一種自己用python和matlab處理小批量深度學習醫學圖像的步驟與思路; 首先本文用DenseNet+UNet的模型做腦組織分割,主要分割對象包括腦脊液、腦白質、腦灰質和背景,一共四類,訓練完成進行測試,生成.bin二

原创 libtorch+VS2015配置與應用

背景:用Unet訓練了腦腫瘤分割模型,導出了pytorch中的模型與參數.pth文件。 目的:將.pth文件應用於C++中,形成分割功能,移植到實驗室成員一同開發醫學圖像軟件中。 環境配置:pytorch 1.3 + libtor

原创 用U-net做BraTS2019

研二了,第一次用深度學習做分割,感覺自己落伍了好多,方向是圖像處理,卻一直在用傳統法拼拼湊湊,同學都說深度學習要發文章得有好的數學基礎,自知數學基礎差的情況下還是要接觸一下的,畢竟萬事開頭難,不學習就永遠不會,那麼閒話不多說,記錄

原创 win7下caffe+py2.7的環境搭建

環境準備: Vs2015 git工具 CMake (ver>=3.4) Python 2.7/3.5(推薦2.7) anaconda(可選) 系統路徑設置 搭建caffe的py接口有兩種方法: 1、caffe-master版

原创 PTK(Pulmonarytoolkit)環境搭建

Github來源: https://github.com/tomdoel/pulmonarytoolkit 環境準備: *matlab>=R2011a *C++編譯器(VS2015) *Matlab圖像處理工具包 *Ma