原创 使用MAESTRO整合分析scRNA和scATAC

Wang, C., Sun, D., Huang, X. et al. Integrative analyses of single-cell transcriptome and regulome using MAESTRO. Genom

原创 空間轉錄組如何尋找感興趣區域(ROI)

有過計算機視覺和影像組學數據分析經驗的朋友,對感興趣區域(region of interest,ROI)不會感到陌生。感興趣區域就像它的字面意思一樣直白,哪些區域您比較感興趣?空間表達數據也允許我們在空間信息中找出這個ROI了。那麼,在我們

原创 trendsceek || 識別基因空間表達趨勢

空間轉錄組技術使得我們可以在組織成像的基礎上考察基因表達情況,同時也需要新的分析策略。trendsceek是一種基於標記點過程的方法,識別具有顯著空間表達趨勢的基因。trendsceek在空間轉錄組和順序熒光原位雜交數據中都能很好地發現空

原创 讀《癌症是一種 代謝病》

本書給我們提供了一個新的視角:癌症是起因於細胞核還是線粒體?目前的主流觀點是癌症是一種遺傳病,言下之意是基因的突變導致了基因程序化表達有規律地錯亂,於是脫離正常的細胞生長週期,形成癌細胞。在這本書中,作者提出了不一樣的看法:癌症是細胞呼吸

原创 讀《變量3》

何老師發願寫中國三十年,這是第三本。也比較符合我們的感知,2008年以來,我們感覺世界經濟的全球化似乎並沒有那麼強烈了,2019年又出現修長城的事件,2020年疫情更是希望把國與國之間的安檢建立起來,本土時代真的到來了嗎? 何老師在書中描繪

原创 紫金悟NO.03||江邊的山

2021 第三個週末,你在哪,還好嗎? 這周去紫金山是在週六的早上,天矇矇亮,趕上第一趟南京地鐵,看着早起的人們臉上還保留着一絲的倦意,有的還在閉目養神。山上的晨曦透過斑駁的樹枝落在閒靜的石階上,盤旋着這樣的小徑,自然有一份難得的安閒。上山

原创 讀《R語言在商務分析中的應用》

讀這本書的原因很簡單,因爲它也是R語言應用系列的一本。大致看完之後,覺得這本書或可提供一個文科生入門R語言的路徑。本書和市面上大部分的R語言書籍不同,不會有大幅度的代碼,它演示了不用代碼學習R語言編程並用R語言做自己的事。 書中有大量的R圖

原创 讀《R Commander操作手冊》

對很多剛接觸R語言的朋友來講,R語言就意味編程,而編程是一件很難的事,至少是隻有程序員纔會做的事。其實用R語言並不意味着編程,R和SPSS一樣也可以有界面版的,比如Rcmdr,加載進來之後是這樣的。 install.packages("Rc

原创 讀《m⁶A 研究一本通》

在讀這本書的時候,腦海裏一直縈繞着一個問題:如Tcell 如何成爲Tcell?這就像怎麼證明小明是小明一樣。我們知道,細胞類型特化是因爲基因的差異表達,一個基因,比如CD4被選擇在某些細胞中表達,它被選擇的原因是什麼?這應屬於轉錄調控的內

原创 讀《高通量基因測序儀一本通》

這並不是一本正式刊發的書籍,只是在一定範圍內傳閱。從事高通量數據分析和實驗的人很多,但是真的更夠把測序儀的工作原理講清楚的並不多,對很多人來說,測序儀就像黑盒子:不斷地加試劑然後產出基因序列。這本小冊子在做的努力就是讓我們理解高通量測序的一

原创 STUtility || 空間轉錄組多樣本分析框架(二)

前情回顧: 應用空間統計學分析空間表達數據 空間信息在空間轉錄組中的運用 Giotto|| 空間表達數據分析工具箱 SPOTlight || 用NMF解卷積空間表達數據 空間轉錄組教程|| stLearn :空間軌跡推斷 Seurat 新版

原创 STUtility || 空間轉錄組多樣本分析框架(一)

應用空間統計學分析空間表達數據 空間信息在空間轉錄組中的運用 Giotto|| 空間表達數據分析工具箱 SPOTlight || 用NMF解卷積空間表達數據 空間轉錄組教程|| stLearn :空間軌跡推斷 Seurat 新版教程:分析空

原创 利用R語言CranView學習系統知識

關於一個特定類型分析的幫助,在CranView上有很好的整合資源,CranView會給你一個關於那個領域主要R包的列表及闡述。 我們是如何遇到一個R包的呢,很所時候是看到有人用了,這種來源往往是稀稀疏疏的,不成體系。而CranView是選擇

原创 讀《R語言編程藝術》

如果說R語言學習者會有的書,大概率會有這一本。本書可以說是R語言學習者和使用者的一個分水嶺,在此之前是各種copy調試,在此之後開始用R做一些自己的事情。其實這樣的書可以羅列出好幾本: ggplot2 數據分析與圖形藝術(ggplot

原创 velociraptor || Bioconductor框架下的RNA速率分析工具

針對基因和細胞,單細胞轉錄組兩個高級分析分別是:scenic和velocyto。這兩個都是R和python都支持的,同時R的實現都不是十分完美。特別是velocyto,在R裏面雖然有velocyto.R(win 10 似乎安裝不上還) 但