原创 單細胞時代|| 單細胞代謝組學之免疫代謝

Immune metabolism in PD-1 blockade-based cancer immunotherapy Immunometabolism in the Single-Cell Era A novel strategy

原创 讀《T-Cell Differentiation》||免疫細胞の名門望族

知道這本書是一個偶然的機會,那段時間正好在研究免疫細胞比較厲害的團隊工作(忝列門牆啊),自然想找點資料來擴充一下自己的知識面,以便知道T細胞到底有幾個正宗的亞羣。如張老師對T細胞的劃分: 文獻既視感: 幾乎做到了一個marker一個亞羣

原创 Seurat Weekly NO.4 || 高效數據管理

Seurat Weekly NO.0 || 開刊詞 Seurat Weekly NO.1 || 到底分多少個羣是合適的?! Seurat Weekly NO.2 || 我該如何取子集 Seurat Weekly NO.3 || 直接用Se

原创 單細胞時代 || NGS技術實現

Single-Cell RNA Sequencing and Its Combination with Protein and DNA Analyses scRNAplus||一個通俗的解釋 單細胞時代 || 細胞身份概念的演變 單細胞

原创 單細胞時代 || 宿主-微生物組相互作用

前情回顧: 單細胞時代 || 細胞身份概念的演變 單細胞時代 || 網絡分析應用進展,機遇與挑戰 單細胞時代 || 從衆病之王到希望之光 單細胞時代 || 宿主-微生物組相互作用 Host-Microbiome Interactions

原创 單細胞時代 || 從衆病之王到希望之光

From single gene analysis to single cell profiling: a new era for precision medicine Single-cell sequencing in cancer r

原创 PPT 常用輔助網址

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原创 單細胞時代 || 細胞身份概念的演變

The evolving concept of cell identity in the single cell era 隨着單細胞技術的廣泛應用,我們正在從對細胞身份(cell identity)的模糊定義轉向建立定量的、高分辨率的細

原创 Python 操作MySQL

我的Python環境: Python 2.7.14 |Anaconda, Inc.| (default, Oct 16 2017, 17:29:19) [GCC 7.2.0] on linux2 Type "help", "copyrig

原创 單細胞轉錄組數據挖掘推薦

數據挖掘推薦 單細胞轉錄組測序(Single-cell RNA Sequencing )通過在單個細胞水平上進行測序,解決了用組織樣本無法獲得不同細胞間的異質性信息或樣本量太少無法進行常規測序的難題,爲科學家研究動植物單個細胞的行爲、機制等

原创 10X郵件列表||前體mRNA比對反義鏈比例增加

| Hank Tu (10x Genomics) Sep 28, 01:29 PDT Hi Yunlai, We observe an increase in the detection of antisense reads with ma

原创 讀《組學數據生物信息學》|| 淺談面向數據庫的數據挖掘

單細胞技術把組學拉到了前所未有的分辨率之下,再一次讓我們看到了組學的希望,也帶來了新的挑戰。新形勢下,我們如何應用生物信息學手段挖掘組學數據呢?這一思考無疑是有意義的,於是,按照慣例,我們需要找到引領我們思考的讀物——《組學數據生物信息學》

原创 癌轉移相關基因

Metastasis suppressor genes Metastasis suppressor Mechanism of action AKAP12 PKA regulation BRMS1 Transcript

原创 單細胞時代 || 網絡分析應用進展,機遇與挑戰

Network modeling of single-cell omics data: challenges, opportunities, and progresses 其實在遇到本文之前,我們已經寫就Network在單細胞轉錄組數據

原创 從中國核酸數據庫GSA下載單細胞數據

第一次使用GSA大約是2018年,那一次是往該數據庫上傳數據。 單細胞數據呈指數增長,對一個實驗室也好,對一家科研單位也好,對一個國家也好,數據的管理顯得日益重要。數據管理在技術上是平臺的搭建,做好平臺,大家可以在上傳和下載或者分析數據。