原创 讀《基因泰克》
跟着運來兄搭建自己的生物信息小書房。趁年輕，讀幾本硬書，到老了慢慢反芻。 一項技術如何開啓一個新的工業門類？都說21世紀是生物的世紀，生物技術如何從象牙塔裏走出來，從一個領域到一個行業？當我們把目光放到1976年成立的基因泰克公司，這一
2022-11-12 02:36:06
原创 讀《理解生物信息學》
跟着運來兄搭建自己的生物信息小書房。趁年輕，讀幾本硬書，到老了慢慢反芻。 思想就像基因一樣，需要通過表達來傳播和互相吸引，並且生成新的東西。基因的表達，這樣的表述讀起來平平常常，然而我們建立這樣一套概念系統是大量優秀的科學家不斷探索的結
2022-11-12 02:36:06
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原创 讀《Computational-method-for-single-cell-data-analysis》
跟着運來兄搭建自己的生物信息小書房。趁年輕，讀幾本硬書，到老了慢慢反芻。 如果讓我推薦一本比較全面的單細胞數據分析教材，我想會是《Computational-method-for-single-cell-data-analysis》。在
2022-11-12 02:36:06
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原创 讀《Handbook of Single-Cell Technologies》
跟着運來兄搭建自己的生物信息小書房。趁年輕，讀幾本硬書，到老了慢慢反芻。 自我們第一次看到單個細胞以來，所發展的單細胞技術都是觀察的藝術。從一開始用顯微鏡的光聚焦，到現在的捕獲細胞裏面的化學信號（多是核酸化學信號），都沒有離開它觀察者的
2022-11-12 02:36:06
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原创 PMBOK之旅|| 初識PMBOK
大家好，我是周運來，是一名單細胞的產品經理，我所承擔的工作職責就是產品管理和項目管理工作。簡單地說，我們是通過一個個項目來管理我們的業務，項目管理和業務思維是不可分割的一體兩面。 說起PMBOK，那還是小時候，朋友圈裏經常有這樣的廣告：人人
2022-11-12 02:36:06
原创 PMBOK之旅|| 論項目、產品與運營的關係
大家好，我是周運來，是一名單細胞的產品經理，我所承擔的工作職責就是產品管理和項目管理工作。簡單地說，我們是通過一個個項目來管理我們的業務，項目管理和業務思維是不可分割的一體兩面。每一個時代，哪裏有一堆成長性產品，哪裏的產品經理就在快速崛起。
2022-11-12 02:35:55
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原创 單細胞數據科學四大過程組兩大知識領域與三重境界
很多朋友問是如何保持閱讀量的，其實，大部分是之前的存貨。有一部分是每有會意，把之前的舊書拿出來再翻一翻，做個導圖放上來的。今天，我想和大家分享一點最近對單細胞數據科學的理解，總結爲一句話： 單細胞數據科學四大過程組兩大知識領域與三重境界
2022-11-12 02:35:55
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原创 PMBOK之旅|| 項目運行環境
大家好，我是周運來，是一名單細胞的產品經理，我所承擔的工作職責就是產品管理和項目管理工作。簡單地說，我們是通過一個個項目來管理我們的業務，項目管理和業務思維是不可分割的一體兩面。每一個時代，哪裏有一堆成長性產品，哪裏的產品經理就在快速崛起。
2022-11-12 02:35:55
原创 雷達圖在單細胞數據分析中的應用
聽過周老師的課的同學，應該有印象：周老師在講單細胞數據結構的時候提到過，單細胞數據是表達量數據，每個數值表示的是表達量，也就是含量，是一個非負數。表達量這個可以有絕對錶達量和相對錶達量，也就是所佔的比例。基於這個簡單淳樸的認知，其實我們就可
2021-12-01 08:08:26
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原创 Seurat繪製單細胞千里江山圖（山巒圖）
山巒圖，英文名叫做ridge plot，其本質上是密度圖（density plot）,其實中文並沒有統一的稱呼，但是由於其外貌高低不平，形似山川，一般稱呼其爲“山巒圖”。山巒圖的用法與小提琴圖、箱形圖相似，主要用於可視化數據的分佈情況，而外
2021-12-01 08:08:26
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原创 讀《高通量測序技術在肺癌領域的應用》
跟着運來兄搭建自己的生物信息小書房。趁年輕，讀幾本硬書，到老了慢慢反芻。 2021年8月25日晚本是個平平常常的日子，除了下點雨。我因爲一樁小事到南京市第二醫院檢查，胸透的結果告訴我：左部肺下有個結節。 我開始對肺這個字敏感起來。 《高
2021-10-02 11:06:13
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原创 時間序列的單細胞轉錄組數據分析
利用時間是一個極其高級的規律。——恩格斯 單細胞轉錄組數據分析在闡述多細胞生物發育與疾病進程方面已經開發了多種新的方法，如比較有名的軌跡推斷(TI，trajectory inference)。但是，我們知道，各種軌跡推斷方法只是一種利用
2021-09-20 22:56:46
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原创 單細胞新藥研發導論|| 新藥研發管線
開刊詞||單細胞新藥研發導論 將單細胞研究的基本思路與新藥研發的成熟管線結合起來 有明確的靶標 動物模型有效 無遺傳毒性 急慢性毒性實驗清晰可靠 優良的藥效動力學性質 容易製備、成本可行 無藥物相互作用 一般醫生都能使用，而非專科醫生
2021-06-08 04:10:12
原创 單細胞前哨觀察
> 一些歷史學家發現，當現有的知識或新興技術積累到一定程度時，會有很多不同的研究者同時專研一個科學問題並同時產生新的發現。21世紀初的當下，這個科學問題就是：多細胞生物的異質性問題。多年以後也許人們會驚歎：組織的異質性居然是在其保守性得到解
2021-06-08 04:10:12
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原创 Seurat Weekly NO.17 || 一個R包的CNS之路
seurat發展歷史，cns之路 在單細胞數據分析中，特別是對初學者來說，Seurat是一個教科書級別的工具。至於這個用來分析單細胞多組學的工具爲什麼叫這個名字，我想，與它問世的第一篇文獻不無關係： Satija, Farrell, e
2021-06-08 04:10:12
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