原创 velociraptor || Bioconductor框架下的RNA速率分析工具

針對基因和細胞，單細胞轉錄組兩個高級分析分別是：scenic和velocyto。這兩個都是R和python都支持的，同時R的實現都不是十分完美。特別是velocyto，在R裏面雖然有velocyto.R（win 10 似乎安裝不上還） 但

2021-01-15 03:07:24

原创 關於文集《Single_Cell》拆分的說明

在18年底的時候開始在簡書上陸續寫一些單細胞轉錄組相關的文字，主要的文集就是這個《Single_Cell》。其主要內容有： Seurat教程 scanpy教程 空間數據分析 免疫組庫數據分析 細胞通訊 細胞類型鑑定 公開課的ppt（以及其

2021-01-14 03:07:42

原创 讀《R語言面向對象編程》

R主要面向統計計算，爲數據科學家青睞，代碼量一般不會很大，使用面向過程的編程方式就可以很好的完成編程任務。而且還是有RStudio這樣的交互操作集成開發環境，所以大部分的R語言用戶對R語言是不是面向對象的很疑惑，雖然我們都知道在R中一切皆對

2021-01-14 03:07:42 3

原创 Seurat Weekly NO.07 || V4 新特性

Seurat Weekly NO.0 || 開刊詞 Seurat Weekly NO.1 || 到底分多少個羣是合適的？！ Seurat Weekly NO.2 || 我該如何取子集 Seurat Weekly NO.3 || 直接用Se

2021-01-11 03:16:08 5

原创 紫金悟NO.02|| 路上的人

2021 第二個週末，你在哪，還好嗎？ 這個週末的紫金山，雖不似上週那麼冷，但是進階俯處首見落黃滿地，亦可感受到這深冬的寒意。依舊從鍾靈街經體育學院上山，也許是因爲天氣冷，這周山上的人並不多。但可以看到一個人的沉靜，兩個人的溫馨，三五個人的

2021-01-11 03:16:08

原创 空間轉錄組教程||用BayesSpace提高分羣和基因分辨率

最近開發的空間基因表達技術，如空間轉錄組學可以在保留空間背景的同時，全面測量轉錄組譜。然而，現有的空間基因表達數據分析方法往往不能有效利用空間信息，不能解決技術分辨率有限的問題。 在空間數據的分析中，痛點像單細胞轉錄組一樣也是：聚類。我們希

2021-01-11 03:16:08 35

原创 用ImageJ處理空間成像數據

我們經常看到Visium 空間轉錄組報告中有圖像數據，那麼它是怎麼得的呢？今天給大家演示一下用ImageJ來處理空間圖像數據，儘管這只是ImageJ衆多功能中的一個。 ImageJ是由 National Institutes of Heal

2021-01-10 03:20:04 18

原创 SpatialExperiment || 空間數據管理

我們知道單細胞數據的激增和它的高維特徵催生了針對單細胞數據的數據格式：Seurat對象、singlecellexperiment對象以及anndata對象。空間數據的出現爲表達量數據帶來了新的視角，一般它包含圖像數據，空間座標數據以及表達量

2021-01-10 03:20:04 3

原创 STRbook|| 縱論空間轉錄組前世今生

近年來，空間基因表達技術得到了迅速的發展，其中最成熟的商業化平臺是來自10X Genomics的Visium，它們允許我們在形態學背景下進行基因表達譜分析。空間轉錄組被Nature雜誌評爲2020年度技術，一時間風光無兩。其實回顧起來，我們

2021-01-09 03:17:54 1

原创 讀《醫學微生物組實戰指南》|| 或一瞥單細胞數據分析

記得小時候掉到餐桌上的小丸子，再抓起來喫的話，大人會打手手，並告知上面有細菌哦。這是對微生物最開始的認識，雖然沒有像”化學物品“那麼可怕，但是微生物似乎和不乾淨聯繫到一起。直到自己真的學習了相關的課程之後才知道原來在自然界和動物生物體內原來

2021-01-08 03:15:40

原创 讀《受體信號轉導研究方法》

這是一本實驗指導書，時間嘛是在2008年，相較於生命科學的發展速度基本可以說是屬於舊書了。但是我們依然可以看到，在那個時代人們是如何研究受體信號的，儘管目前有了大量的數據庫，而遇到新的受體信號，還是需要做一些生化實驗來確定。簡而言之，開卷有

2021-01-07 03:21:11

原创 什麼樣的組織適合做空間轉錄組？

空間轉錄組學技術在複雜的生理、病理條件（直接切片還是有設計地切片？）下研究不同位置區域細胞的異質性，特別是針對腫瘤和幹細胞生物學，發掘具有獨特分子特徵的細胞羣落，研究其對信號、藥物和外界刺激的響應差異，闡釋疾病發生的不同階段和狀態，細胞與細

2021-01-06 03:15:52 4

原创 spotBinning 在空間數據中的應用

我們知道，空間分析中常見的是解析每個spot中的細胞數，這是往細了做。而臨近的細胞放到一個bin中獲得概覽，不僅是在可視化方面，在數據集大了之後，這種分箱的操作可以減少維度。這種分析方法或可叫做spotbinning抑或是pseudospo

2021-01-06 03:15:52 7

原创 紫金悟NO.01|| 山頂的雪

回首向來，在簡書寫週記已經是第四個年頭了： 2018週記 2019週記 2020年週記 雖然斷斷續續，其中也有各種改版，但是每年的元旦假期還是會煞有介事地給新的一年起一個名字，如今年的：2021的名字：止。還記得那些個週日的夜晚，不斷地絞盡

2021-01-04 03:14:33

原创 讀《超越數字：統計職業生涯》

我不知道翻譯小組的老師爲什麼要把* A Career in Statistics: Beyond the Numbers*翻譯成：超越數字——成功的統計職業生涯規劃。知道這本書是因爲它也屬於【R語言應用系列】,這個系列的書籍在R語言圈口碑還

2021-01-03 03:14:13