原创 R語言之可視化⑧easyGgplot2散點圖續目錄
目錄R語言之可視化①誤差棒R語言之可視化②點圖R語言之可視化③點圖續R語言之可視化④點韋恩圖upsetRR語言之可視化⑤R圖形系統R語言之可視化⑥R圖形系統續R語言之可視化⑦easyGgplot2散點圖R語言之可視化⑧easyGgplot2
2018-12-12 13:45:01
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原创 R.python常見問題①（不常見的安裝包bug）
最近安裝R語言後遇到了一個比較煩人卻其實很簡單的問題。如上圖所示：在Rgui和Rstudio中都遇到了一個問題，使用install.packages()出現錯誤，閱讀error發現是無法連接到鏡像的包集合中。其大概原因是因爲鏡像連接問題，無
2018-12-12 10:05:14
原创 R語言之可視化⑤R圖形系統目錄
R base graphsR帶有簡單的函數來創建許多類型的圖形。 例如：在大多數情況下，您可以使用以下參數來自定義繪圖： pch：改變點形狀。 允許值包括1到25之間的數字。 cex：改變點大小。 示例：cex = 0.8。 col：改
2018-12-12 10:05:03
原创 R.python常見問題②（一些需要編譯的包）
在R語言的廣泛包中，大部分可以直接install.packages()直接命令安裝，但是有些包安裝過程比較複雜，例如'lightgbm,ggplot2所依賴的‘rlang’包，devtools所依賴的‘pkgload’,這三個包是我目前經常
2018-12-12 10:05:03
原创 TMB成爲癌症免疫治療最大助力
2018年，隨着O藥和K藥相繼在中國獲批上市，中國的資本和藥企對靶向PD-1/PD-L1的免疫治療的熱情達到了巔峯，大量的藥企在開展相關的臨牀研究，一度出現沒有足夠的醫生和患者參與臨牀研究的局面。火熱的另一面是，雖然PD-1抗體對實體瘤表現
2018-12-10 10:10:07
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原创 NA、Inf、NaN、NULL等值處理
這幾個都是R語言裏面的特殊值，都是R的保留字(reserved words)。它們的意義分別爲：• NA：表示缺失值(Missing value)，是“Not Available”的縮寫• Inf：表示無窮大，是“Infinite”的縮
2018-12-07 10:15:03
原创 Python數據處理從零開始----第四章（可視化）（4）目錄正文
正文繪製連續誤差圖有時候需要展示連續變量的誤差,matplotlib通過plt.plot和plt.fill_between來實現。下面通過Scikit-Learn程序庫的API裏面的高斯過程迴歸方法來演示。這是用一種非常靈活的非參數方程對帶
2018-12-06 15:44:59
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原创 Python數據處理從零開始----第四章（可視化）（6）（畫布設置）目錄正文
使用樣式表自定義繪圖style包爲易於切換的繪圖『樣式』增加了支持，它們與matplotlibrc文件參數相同。 有一些預定義樣式由matplotlib提供。 例如，有一個名爲『ggplot』的預定義樣式，它模擬ggplot（R 的一種流
2018-12-06 11:40:01
原创 R語言之可視化④點韋恩圖upsetR目錄正文
正文介紹一個R包UpSetR，專門用來集合可視化，當多集合的韋恩圖不容易看的時候，就是它大展身手的時候了。原理比較簡單，做法大概分爲兩種，第一種是定義數據集後，畫圖自動取交集。第二種做法是先取交集，然後畫圖。繪製韋恩圖的目的主要是查看數據集
2018-12-06 10:10:05
原创 R語言之可視化③點圖續
修改圖例legend位置p + theme(legend.position="top") p + theme(legend.position="bottom") p + theme(legend.position="none") # Rem
2018-12-05 15:30:05
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原创 Python數據處理從零開始----第四章（可視化）（4）（韋恩圖）
使用python繪製韋恩圖下載easy_install matplotlib-venn韋恩圖依賴於以下的包：numpyscipymatplotlib使用matplotlib-venn 包提供了四個主要的函數：venn2、venn2-circ
2018-12-05 15:30:05
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原创 R語言之可視化②點圖
主要內容： 準備數據基本點圖在點圖上添加摘要統計信息添加平均值和中位數帶有盒子圖和小提琴圖的點圖添加平均值和標準差按組更改點圖顏色更改圖例位置更改圖例中項目的順序具有多個組的點圖定製的點圖相關信息第一步：準備數據，使用的數據包括三列，len
2018-12-05 11:40:08
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原创 TCGA生存分析③
TCGA 癌症基因組圖譜（TCGA）是國家癌症研究所（NCI）和國家人類基因組研究所（NHGRI）之間的合作，收集了33種癌症類型的大量臨牀和基因組數據。 整個TCGA數據集的基因表達超過2PB，數據類型包括CNV分析，SNP基因分型，D
2018-12-05 10:35:08
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原创 TCGA生存分析②
接上文，Kaplan-Meier曲線有助於可視化兩個分類組之間的生存差異，當你設置參數pval = TRUE時，可以獲得的對數秩檢驗值有助於探討不同組之間的生存率是否存在差異。 但這並不能很好地評估連續性定量變量的對生存的影響。比如你的某一
2018-12-05 10:30:05
原创 R語言之可視化①誤差棒
本教程介紹如何使用R軟件和ggplot2包創建帶有誤差棒的圖形。 可以使用以下函數創建不同類型的錯誤欄： geom_errorbar（） geom_linerange（） geom_pointrange（） geom_crossbar
2018-12-05 10:30:05