原创 致各位生信小夥伴
Hi大家好，由於最近平臺的各種限制，封鎖了很多文章，很多小夥伴都發郵件問我原文的鏈接問題 於是，我爲大家提供了我的博客鏈接，裏面可以自行搜索想看的內容，地址是： https://www.jieandze1314.com/
2020-10-04 15:17:13
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原创 富集分析圈圈圖
0.需求解讀 這是富集分析比較常見的一個圖，左圖右表。 圖的最外層是GOterm的編號，中間灰色背景層表示基因的logFC分佈，可以看到每個term對應到的市上調基因還是下調基因。最裏面的一層市z-score值。這個值的計算方法在幫助文檔
2020-09-14 07:36:44
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原创 如何用Conda安裝GATK？
劉小澤寫於2020.9.2 現在conda的使用越來越方便，用的人也越來越多，就是因爲學習成本簡單，比較容易上手，並且不需要root權限以及修改bashrc配置文件。另外，它需要依賴Python和R，有時不知怎的就加載不出來依賴包，因此使
2020-09-03 01:34:39
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原创 bedtools的簡單操作版本
劉小澤寫於2020.8.14 前言 之前初識bedtools的時候根據官網教程寫了一個接近於實戰的教程：2019 和豆豆一起跟着官網學習 bedtools 但是，如果要想快速上手操作的話，可以使用更簡單的數據 1 bedtools i
2020-08-16 12:57:42
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原创 生信星球小練習—批量讀取10X數據
劉小澤寫於2020.8.13 主要分爲兩個部分：前面用linux處理，後面用R處理 下載數據 選用的10X測試數據是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE10867
2020-08-14 08:26:29
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原创 會了GEO數據下載，來看看怎麼上傳吧
劉小澤寫於2020.8.12 第一次接觸這個操作，下午跟着官網學習了下 果然，還是看官網的幫助文檔最香~ 1 註冊NCBI GEO賬號 先註冊NCBI賬號，在：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 然後註冊GEO
2020-08-14 08:26:29
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原创 跟着官方文檔來看看GRanges這個對象
劉小澤寫於2020.8.5 今天跟着官方文檔來看看GRanges這個對象 1 前言 內容來自：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GenomicRanges
2020-08-05 18:57:48
原创 和《單細胞交響樂》的結緣~路漫漫
劉小澤寫於2020.7.22 今天下午看完並寫完了最後一章。當然這不是結束，也許只是一個開始 吸引 這本書的名字叫：《Orchestrating Single-Cell Analysis with Bioconductor》 我在20
2020-07-22 18:58:44
原创 單細胞交響樂30-實戰十三 10X 小鼠乳腺上皮細胞
劉小澤寫於2020.7.21 爲何取名叫“交響樂”？因爲單細胞分析就像一個大樂團，需要各個流程的協同配合 單細胞交響樂1-常用的數據結構SingleCellExperiment 單細胞交響樂2-scRNAseq從實驗到下游簡介 單細胞交響
2020-07-22 18:58:44
原创 單細胞交響樂31-實戰十四 10X HCA計劃的38萬骨髓細胞
劉小澤寫於2020.7.22 爲何取名叫“交響樂”？因爲單細胞分析就像一個大樂團，需要各個流程的協同配合 單細胞交響樂1-常用的數據結構SingleCellExperiment 單細胞交響樂2-scRNAseq從實驗到下游簡介 單細胞交響
2020-07-22 18:58:44
原创 單細胞交響樂28-實戰十一 Smart-seq2-小鼠造血幹細胞
劉小澤寫於2020.7.21 爲何取名叫“交響樂”？因爲單細胞分析就像一個大樂團，需要各個流程的協同配合 單細胞交響樂1-常用的數據結構SingleCellExperiment 單細胞交響樂2-scRNAseq從實驗到下游簡介 單細胞交響
2020-07-22 18:58:44
原创 單細胞交響樂29-實戰十二 10X 小鼠嵌合體胚胎
劉小澤寫於2020.7.21 爲何取名叫“交響樂”？因爲單細胞分析就像一個大樂團，需要各個流程的協同配合 單細胞交響樂1-常用的數據結構SingleCellExperiment 單細胞交響樂2-scRNAseq從實驗到下游簡介 單細胞交響
2020-07-22 18:58:44
原创 單細胞交響樂27-實戰十 CEL-seq-小鼠造血幹細胞
劉小澤寫於2020.7.21 爲何取名叫“交響樂”？因爲單細胞分析就像一個大樂團，需要各個流程的協同配合 單細胞交響樂1-常用的數據結構SingleCellExperiment 單細胞交響樂2-scRNAseq從實驗到下游簡介 單細胞交響
2020-07-22 18:58:44
原创 單細胞交響樂26-實戰九 胰腺細胞數據整合
劉小澤寫於2020.7.21 爲何取名叫“交響樂”？因爲單細胞分析就像一個大樂團，需要各個流程的協同配合 單細胞交響樂1-常用的數據結構SingleCellExperiment 單細胞交響樂2-scRNAseq從實驗到下游簡介 單細胞交響
2020-07-21 18:57:10
原创 單細胞交響樂24-實戰七 SMARTer 胰腺細胞
劉小澤寫於2020.7.20 爲何取名叫“交響樂”？因爲單細胞分析就像一個大樂團，需要各個流程的協同配合 單細胞交響樂1-常用的數據結構SingleCellExperiment 單細胞交響樂2-scRNAseq從實驗到下游簡介 單細胞交響
2020-07-21 18:57:10