原创 R、冗餘分析（RDA）、ggplot2、置信橢圓
R、冗餘分析（RDA）、ggplot2、置信橢圓 在生態環境領域中（實際中，其他專業也用到），冗餘分析（RDA）是我們常用的分析方法，分析目的爲“解釋變量”對“響應變量”的影響情況。類似RDA的方法，還有CCA。這裏以RDA爲例
2020-07-04 00:39:14
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原创 QIIME2-傻瓜式安裝
傻瓜式安裝QIIME2安裝平臺：WSL+Ubuntu 20.04 LTS+Minicondayml文件下載”q2“類型插件下載”q2“類型插件安裝總結 安裝平臺：WSL+Ubuntu 20.04 LTS+Miniconda QII
2020-04-28 03:53:21
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原创 相對重要性分析
在生態環境領域中，有時候我們要分析多個解釋變量對響應變量的影響，當含有多個響應變量時，爲了方便展示，我們可以bar圖對結果展示。R的relaimpo程序包有多種模式計算解釋變量的重要性，這裏以“lmg”模式爲例。 library(r
2019-02-06 01:15:02
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原创 Python&R LEfSe 分析
軟件安裝與路徑添加 在涉及到物種或基因組間差異分析的方法中，LEfSe是目前常見的方法。LEfSe實現的方式主要有在線分析和本地分析，在線分析會受到網絡及其他因素影響，因而速度可能極慢。本地分析可基於Windows或Linux系統，
2019-02-06 01:15:02
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原创 R、主成分分析（PCA）、ggplot2
R、主成分分析（PCA）、ggplot2 在生態環境領域中，作爲非約束排序的方法之一，主成分分析（PCA）是我們常用的分析方法。本文以R語言vegan包rda函數演示主座標排序及基於ggplot2繪圖。 a=read.csv("D:
2019-01-02 02:54:43
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原创 R、冗餘分析（RDA）、ggplot2
R、冗餘分析（RDA）、ggplot2 在生態環境領域中，冗餘分析（RDA）是我們常用的分析方法，分析目的爲“解釋變量”對“響應變量”的影響情況。類似RDA的方法，還有CCA。這裏以RDA爲例→數據處理、分析過後，我們需要對結果進行
2018-10-13 09:50:39
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