原创 一個複雜的shell例子
awk -F"[ ]+" '{for(i=1;i<=NF;i++) if($i~"oss://novo-disease/") print $i}' aliyun_paths|sort|uniq|xargs -i echo ossutil
2020-06-14 14:27:09
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原创 使用openpyxl讀取數據
參考一篇寫的比較好的博客：https://www.cnblogs.com/sun-haiyu/p/7096423.html 爲了讀取數據，我們首先先寫一個excel，寫的時候，每一行添加隨機數10個，從0~9，並且使用紅色加粗標記大於5的
2020-06-14 14:27:09
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原创 參考HGVS來解釋突變對於cDNA，RNA及蛋白序列改變的描述
序列的突變命名使用了較多的特殊字符，因此解讀起來需要一定的專業知識積累，具體每一種突變都會有自己特別的表示方式，我們在看不懂的時候，可以去查閱該網站http://varnomen.hgvs.org/ 通過點擊某種指定的突變，例如snp，i
2020-06-14 14:27:09
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原创 github markdown語法
轉載網址：https://www.cnblogs.com/downey-blog/p/9583748.html 歷史 Markdown是一種輕量級標記語言，創始人爲約翰·格魯伯（英語：John Gruber）。它允許人們“使用易讀易寫的純
2020-06-14 14:27:09
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原创 解決python2與python3的一些函數命名的差異
一種較爲簡單的方式是在代碼開頭申明，申明如下： try: raw_input except NameError: raw_input = input 以及如下的方法 try: with open('dise
2020-06-14 14:27:09
原创 連接mongodb服務器與Mongo ServerSelectionTimeout報錯
連接遠程的mongodb服務器中加密的數據庫可以通過一下的方式進行連接 from Mongo import MongoClient MongoClient(host="xxx",port=xxx, authSou
2020-06-14 14:27:09
原创 多個模塊的log日誌輸出
今天研究了一下python標準庫中的logging模塊，在多個模塊的情景下輸出日誌 import logging from logging_test2 import log_test # logging.basicConfig(fil
2020-06-14 14:27:09
原创 python魔法方法的一篇總結
轉自：https://blog.csdn.net/jf_xu/article/details/82502837 寫的非常好的一篇python魔法方法的總結，非常的全面，從中學習到好多，受教了！ 原文: http://www.rafek
2020-06-14 14:27:09
原创 python re模塊使用技巧總結
這裏寫自定義目錄標題python re模塊使用技巧總結 python re模塊使用技巧總結 import re #使用(?P<name>...) 或者 (?P=name)來標記變量，使用\g<name>的方式來檢索 test
2020-06-14 14:27:09
原创 django CSRF verification failed. Request aborted錯誤的解決
今天在用django搭建用戶認證系統的時候遇到一個錯誤， CSRF verification failed. Request aborted 但是我確實添加了 {% csrf token %},通過一番折騰，終於找到了問題所在，原來是<f
2020-06-14 14:26:58
原创 bcftools 常用參數 --collapse說明
bcftools的多個子命令中都有--collapse參數的身影，例如bcftools norm 和bcftools concat中 -d和-D這兩個參數，這兩個參數的作用是去重duplicate 位點，去除的方式將按照通用參數 --co
2020-06-14 14:26:58
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原创 makeblastdb及blastn的使用
文章目錄簡介使用makeblastdb創建自定義搜索庫blastn極短序列比對 簡介 blast是常用的比對軟件，在linux系統下安裝完成blast套件後，可以使用blastn進行核酸序列的比對，基本的使用模式爲確定搜索的庫，然
2020-03-11 07:43:01
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原创 使用tabix創建索引並獲取染色體區間信息
高通量測序產生的存放大量數據的文件往往十分龐大，即使是壓縮文件，也有幾十G到幾百G，這樣的文件獲取其中某一區間信息的時候使用常用的Linux命令，例如grep awk等將非常耗時，這個時候，我們可以使用一些工具來創建索引並加快這個過程。
2020-02-23 06:19:55
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原创 python2與python3中的編碼問題
參考了一些優秀的博客及知乎的內容 https://blog.csdn.net/xiaoyink/article/details/80850448 https://www.jb51.net/article/133452.htm https
2020-02-23 06:19:55
原创 寫shell腳本注意事項
寫shell腳本的時候，爲了保證無論在哪裏運行腳本，其結果總是生成在指定的目錄下，我們可以採取兩種方式來解決這個問題，第一種方法就是使用絕對路徑，例如： #!/bin/bash set -eo pipefail python foo.p
2020-02-23 06:19:55