原创 Mac GCC與自帶的Clang #1. 解決辦法-安裝GCC ##3. 安裝GCC #編譯程序
Mac自帶Clang是一個C語言、C++、Objective-C語言的輕量級編譯器。Clang是由蘋果公司自己從頭開發的，與GCC系統相比更加小巧，但是與GCC可以兼容。 最近編譯一個c++程序時，Clang總是報錯： clang: err
2020-12-01 20:08:36
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原创 python pyensembl:基因組位置註釋到基因組特徵（基因，轉錄本，外顯子） #安裝 #使用 #緩存位置設置 #非Ensembl 的數據 #API #原文
PyEnsembl 爲用戶訪問 Ensembl參考基因組數據提供了一個很好的接口。可以直接從Ensembl FTP服務器下載參考基因組的GTF和FASTA文件，並且解析文件；Ensembl 並且提供了一些方法，用戶可以通過基因組上位置提取對
2020-11-25 20:12:26
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原创 bwa 使用指南 #1. 介紹 #2. 安裝 #3. 使用示例 #4. 常用命令行 #5. 命令及參數 #6. 原文
bwa - Burrows-Wheeler Alignment Tool #1. 介紹 BWA 是一個能將差異較小的測序數據比對到參考基因組的工具。它包含三種算法：BWA-backtrack, BWA-SW 和 BWA-MEM. BW
2020-11-24 20:08:40
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原创 R語言中多線程運行程序 #apply系列函數 #parallel包 #foreach包 #總結 #原文
R 代碼的運行效率不高，因此有時候可以考慮並行運行程序。 #apply系列函數 實際不是並行 apply(X, MARGIN, FUN, ...) lapply(X, FUN, ...) sapply(X, FUN, ..., si
2020-11-23 20:12:24
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原创 /usr/bin/sudo must be owned by uid 0 #進入root #chown修改sudo權限 #參考
當前用戶運行sudo，報錯如下： $ sudo sudo: /usr/bin/sudo must be owned by uid 0 and have the setuid bit set #進入root $ su #chown修改su
2020-11-06 20:12:02
原创 ubuntu配置Nginx #安裝Nginx #創建自己網站-tutorial #網站虛擬主機設置 #激活虛擬主機和訪問測試 #原文：
Nginx(Engine-X)是一款是由俄羅斯人Igor Sysoev開發的開源Web服務器， 通常用於反向代理或HTTP緩存，也是一個 IMAP/POP3/SMTP 代理服務器。 Nginx和Apache是當前應用最多的兩款Web服務器。
2020-11-05 20:09:54
原创 學術期刊全稱與縮寫對照表 Endnote內置數據查看 數據庫查詢：
The abbreviated journal name Endnote內置數據查看 示例：endnotex8/Terms Lists A Trends Guide Trends Guide Trends Guide Na
2020-11-02 20:10:09
原创 shiny server The application failed to start. #問題： #1. 檢查R包的安裝 注：檢查所有安裝的包 #2.修改配置文件
#問題： An error has occurred\ The application failed to start. The application exited during initialization. #1. 檢查R包的安裝
2020-10-16 01:31:43
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原创 安裝WGCNA的各種方法 #官方安裝教程 #參考
相關網絡在生物信息學應用中得到越來越多的應用。例如，加權基因共表達網絡分析是一種用於描述芯片基因間表達相關模式系統生物學方法。加權相關網絡分析(WGCNA)可用於尋找高度相關基因的聚類(模塊)。 相關網絡促進了基於網絡的基因篩選方法，可用於
2020-10-16 01:31:43
原创 虛擬機ubuntu server共享文件夾 #設置共享文件夾 #方法1 #方法2 #方法3
#設置共享文件夾 #方法1 #查看共享目錄 $ vmware-hgfsclient #在ubuntu上創建目錄 $ mkdir dataF #賦予目錄可操作權限 $ sudo chmod 777 dataF #安裝samba-clien
2020-10-11 21:13:28
原创 ubuntu server安裝VMware Tools #下載VMware tools #進入Ubuntu server操作 #參考：
#下載VMware tools #進入Ubuntu server操作 #創建一個目錄（/mnt/cdrom）來掛載CD-ROM $ sudo mkdir /mnt/cdrom #將CD-ROM掛載到mnt $ sudo mount /de
2020-10-11 21:13:28
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原创 R Shiny App 佈局：shinydashboard 設置背景 #結構概要 #原文：
shinydashboard包提供了一組用於創建生成儀表板的HTML的函數。 #結構概要 dashboardPage()函數包含三個組件: a header sidebar body dashboardPage( dashboa
2020-10-10 21:13:37
原创 ChIP-Seq數據挖掘系列-6: 怎麼選擇HOMMER結果中的motif #先來看一個例子 #低複雜度的Motifs #簡單重複序列 #低質量和低重複的Motifs # 其它問題 #原文
HOMER 是一套用於Motif查找和二代數據分析的工具。hommer結果中一般包含已知motif富集情況，並且也會對用戶提供的序列進行重頭預測motif。 很多同學在拿到這個結果後都是一臉懵，儘管Homer motif Results是有
2020-10-09 21:13:54
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原创 shinydashboard安裝、使用指南 #shinydashboard安裝 #基本情況 #原文
shinydashboard 的主要目的是幫助用戶更方便構建Shiny app的佈局。 #shinydashboard安裝 install.packages("shinydashboard") #基本情況 shinydashboard最
2020-10-07 21:13:41
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原创 R shiny教程-7：共享Shiny app #Share as R scripts #Share as a web page #總結 #原文
創建一個 Shiny app之後，有時候需要共享給他人。 分享Shiny app，一般有兩種途徑： Share your Shiny app as R scripts. 這是分享應用程序最簡單的方式，但只有shiny用戶在他們自己的電
2020-10-05 21:13:13
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