原创 argparse模塊解析命令行參數
#!/usr/bin/python # -*- coding: utf-8 -*- import argparse # 導入模塊 parser = argparse.ArgumentParser() # 創建解析解釋器對象Ar
2020-06-27 10:43:54
原创 第十一章 perl模塊
尋找模塊 perldoc TAP::Object #打開模塊的文檔 cpan -a #創建autobundle文件，會列出所有已安裝的模塊，包括版本號 安裝模塊 使用MakeMaker封裝的模塊安裝 perl
2020-06-27 10:43:53
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原创 deepToolss 3.3.0用戶手冊（未完）
deepToolss 3.3.0用戶手冊Get helpParameters of decrease the run timeFiltering BAMs while processing Get help bamCoverage
2020-06-27 10:43:53
原创 植物SNP數據下載鏈接
Medicago truncatola http://www.medicagohapmap.org/downloads/mt40 Soybean Resequencing 302 wild and cultivated acces
2020-06-01 08:14:32
原创 CleaveLand--降解組測序數據分析
寫在最前面： 該軟件要求fasta格式序列中命名不能出現空格 建議用-t輸出 -o ./dir 在寫批處理腳本時，該文件的名字如果和SRR的名字相同，就不會輸出。 需要準備的數據： 降解組測序數據QC後整理爲redundan
2020-06-01 08:14:32
原创 MCScanX數據前期處理（Ensemble Plant和Phytozome下載）
軟件操作步驟在簡書上的《基因組共線性工具MCScanX使用說明》一文描述以非常詳盡，有需者可以跳轉學習。本文專注於如何將Ensemble plant下載數據整理成MCScanX輸入格式 因爲我在後期需要添加非編碼序列，所以在E
2020-06-01 08:14:32
原创 使用Aspera上傳數據到SRA
Install 下載地址（網上有好多下載地址是錯誤的）： https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list tar -zxvf ibm-aspera-connect-3.9
2020-05-16 21:19:16
原创 html5入門筆記
<!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>First</title> </head> <body> <!--超鏈接-
2020-02-24 08:57:08
原创 植物羣體遺傳學--筆記
《植物羣體遺傳學》 徐剛標 科學出版社 表型可塑性（phenotypic plasticity）：基因型相同的個體，受不同環境的影響而產生不同性狀表現的現象稱爲表型可塑性。表型可塑性是生物對環境的一種適應。 點贊
2020-02-22 14:32:01
原创 RStudio安裝DESeq2
第一次用R… R version 3.6.2 install.packages("BiocManager") BiocManager::install(version = "3.10") BiocManager::instal
2020-02-22 14:32:01
原创 blat參數詳細說明
blat - Standalone BLAT v. 36x2 fast sequence search command line tool usage: blat database query [-ooc=11.ooc] output
2019-04-21 09:44:25
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原创 MCScanX共線性分析
Phytozome數據處理 下載gene.gff3和transcript_primaryTranscriptOnly.fa兩個文件，接下來數據整理需要保證gff文件中的基因名與fasta文件中的基因名相同。代碼對於擬南芥試用，其它植
2019-04-05 00:21:04
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原创 perl對blast結果bit score進行篩選，保留最大值
while(<>){ chomp; $line=$_; @line=split /\t/,$line; ($name, $score)=@line[0,11]; if(!exists($max{$name})){ pus
2019-04-04 00:04:44
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