原创 R qtl package 使用記錄
1. qtl安裝了很多次，提示R版本不符合；重啓了R，安裝成功 2. 畫出的圖如下，更詳細的linkage map 圖需要藉助其它軟件 ######################## install.packages("qtl"
2020-06-22 02:29:50
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原创 package is not available (for R version XXX)
install.packages('package_name', dependencies=TRUE, repos='http://cran.rstudio.com/') R 安裝包的提示 錯誤，常用的是添加repo： https://
2020-06-22 01:49:33
原创 Fst, pi, TajimaD plink 計算
Fst, pi, TajimaD 計算 首先使用vcftools 計算出來各個各個值 vcftools --vcf test.vcf --window-pi 3000 --out test vcftools --vcf test.
2020-06-22 01:49:33
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原创 awk 多條件判斷
awk '{if (NR==2){print $0/4}else if(NR==4){print $0/4} else {print}}' xxx.txt
2020-06-22 01:49:23
原创 /lib/ld-linux.so.2: bad ELF interpreter
原因是64位系統使用了32位的軟件，解決方法網上有很多 就是重新安裝 glibc的 i686 ，然後export LD_LIBRARY_PATH; 不過這個用一次就會無效；查詢其它網頁發現root安裝這個時候有個依賴也會一同安裝：
2020-06-22 01:49:22
原创 grep -rn 查找及批量替換
grep -rn可以關鍵詞查找符合條件的文件的行；去重文件名，然後xargs替換模式 grep -rn "xxx" . |cut -d ':' -f 1 |sort |uniq |xargs sed -i 's/xxx /yyy/g'
2020-06-22 01:49:22
原创 GATK Somatic 流程學習1
1. 主要是參考鏈接https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/article?id=9183#1 的步驟，閱讀了解相應的介紹 2. https://console.clo
2020-05-31 07:41:37
原创 perl lookup issue 解決
1. 折騰了大半天： 首先重新 編譯安裝Perl，使其支持多線程： 2.tar vxf perl-5.22.0.tar.bz2 3 cd perl-5.22.0 4 ./Configure -des -Dprefix=~/.plenv
2020-05-31 07:41:37
原创 bioinformatics 雜誌list
一個 很好的投稿參考，生信雜誌信息網頁 http://bioinfolab.miamioh.edu/bioinfolab/journals.php
2020-04-22 18:18:16
原创 一個比較好用的RNA seq在線分析工具iDEP
iDEP 是一個比較好用的在線RNAseq分析工具，上傳raw counts 文件可以輸出heatmap, pca等，還可以做target 預測,功能強大 http://bioinformatics.sdstate.edu/idep/ h
2020-04-22 18:18:16
原创 GWAS 分析Fst畫圖
GWAS 分析 Fst https://rpubs.com/rossibarra/61700 有詳盡的步驟可以參考畫圖 PS 當然這個網站 https://rpubs.com/ 也有很多很好的參考資料
2019-08-23 10:42:26
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原创 從VCF文件畫PCA圖
1. 使用plink 獲取 SNP_test.eigenvec 文件 plink --maf 0.05 --allow-extra-chr --vcf SNP.vcf --pca header tabs -out SNP_test eig
2019-08-15 10:00:22
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