原创 循環繪圖和多分組多基因（變量）差異展示
經常遇到‘一個循環繪製每一個差異基因在腫瘤和正常的表達差異’和‘需要在一張圖中展示多個差異基因在腫瘤和正常組的表達分佈’需求。如下列兩張圖所示： 首選應得到data如下列所示： 然後循環作圖： list <- names(data
2021-11-05 11:37:20
原创 在線網站根據圖片提取小分子化學結構
我們經常會遇到需要從文獻、圖片、專利中提取化學結構的情況，要是自己一個一個去畫比較費勁，可以使用網站或者軟件提取化學結構。OSRA可識別90多種的圖形格式的軟件，將其轉換爲smiles或SD格式。參考文獻該軟件很貼心的提供了在線預測服務，網
2021-10-15 21:53:31
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原创 MCP-count包計算腫瘤微環境中各類細胞丰度
微環境細胞種羣計數器（MCP-count）方法，該方法允許從轉錄組數據對組織中八種免疫細胞和兩種基質細胞種羣的絕對丰度進行量化。離體免疫組織化學數據支持該方法的有效性。因此此MCP-counter可以用於繪製人類健康組織和非造血人類腫瘤的免
2021-10-07 11:24:48
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原创 利賓斯基規則篩選小分子
#======================================================= #======================================================= rm(
2021-09-23 13:54:15
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原创 R語言之箱型圖修改中位數爲平均數
默認的箱型圖如下所示： 但是有時，我需要將箱子中默認的中位數那條線，改爲平均值。下面代碼數據來源於上一篇博客：配對樣本檢驗及繪圖 - 簡書 https://www.jianshu.com/p/e5a24590b5f6 > mean(dt_
2021-09-07 16:16:25
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原创 配對樣本檢驗及繪圖
1. 下載GEO數據 #======================================================= #set the working files and load the packages #=====
2021-09-07 16:16:25
原创 繪製韋恩圖及計算P值
（1）計算韋恩venn圖交集的P值 #======================================================= #==========================================
2021-08-29 12:03:49
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原创 文獻復現之一篇鐵死亡生信文章（2） 方法
文獻復現之一篇鐵死亡生信文章（1） - 簡書 https://www.jianshu.com/p/b1f4200a4520 方法 GSEA 對高鐵死亡和低鐵死亡組進行GSEA分析。 具有p值<0.05和假髮現率（FDR）<0.05的通路被認
2021-08-09 13:59:17
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原创 適合用於FPKM數據求差異基因的ballgown算法
對於FPKM表達數據時，Edger，limma，和deseq等算法並不合適。而ballgown是針對於FPKM數據開發的差異基因算法，可以嘗試。 示例數據如下所示： # ---------------------------------
2021-07-31 02:09:10
原创 文獻復現之一篇鐵死亡生信文章（1）
1. 文章來源 Genomic analysis uncovers prognostic and immunogenic characteristics of ferroptosis for clear cell renal cell ca
2021-06-11 01:48:43
原创 多分組差異分析解決方案（2）分批次差異基因後取交集
主要方法：如果不同分組代表着一定的趨勢，例如group1，group2，group3的樣本嚴重程度越來越重。那麼就可以求group1和group2的差異基因，group2和group3的差異基因，group1和group3的差異基因，最後把
2021-06-06 17:00:38
原创 多分組差異分析解決方案（1）循環T檢驗
主要方法：將其中某一組設置爲實驗組，其餘幾組統一設置爲對照組。 第一步讀取數據，合併表達矩陣和分組文件 #===============================================================
2021-06-01 06:09:59
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原创 藥物和靶點相關數據庫
1.BindingDB 這是一個公共收錄實驗測定的蛋白質-配體的結合親 和力的數據庫。 （1）實驗測定的結合親和力； （2）側重測定候選藥物靶點蛋白與小分子或 類藥分子等配體的相互作用親和力。目前含有620000 個蛋白—配體結合數據，55
2021-04-03 04:45:27
原创 Dash學習記錄1 dash安裝 dash佈局 示例
Dash是用於構建Web分析應用程序的高效Python框架。Dash是寫在Flask，Plotly.js和React.js之上，是使用純Python的高度自定義用戶界面構建數據可視化應用程序的理想選擇。它特別適合使用Python處理數據的任
2021-03-23 10:16:35
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原创 pip安裝時報錯Consider using the `--user` option or check the permissions.
用pip安裝軟件包時報錯，需要添加--user
2021-03-23 10:16:35