原创 組織成像質譜流式 vs 空間轉錄組測序

今天要提到的兩項技術可謂是神仙打架,誰都不差。一方習自“峨嵋派”(IMC-蛋白組水平),一方習自“武當派”(spatial gene expression-轉錄組水平)。 IMC特點:操作簡單;精度高(1um);檢測維度低(40+種蛋白質

原创 Excel函數(一):字符串處理

彙總本篇文章裏用到的函數: PROPER;UPPER;LOWER(文本大小寫轉換) CHAR+ROW (獲取連續英文字母序列) PHONETIC;CONCATENATE (單元格內容合併) 1. 文本大小寫轉換(PROPER;UPP

原创 Excel函數(二):數值轉文本(適合財務)

彙總本篇文章裏用到的函數: NUMBERSTRING;dbnum(數字轉換爲中文字符串) TEXT (指定文本格式) MID(文本提取) 1. NUMBERSTRING 1.1 使用方法 NUMBERSTRING(單元格,模式參數)

原创 Excel 快捷鍵(持續更新中...)

1. 求和 alt+=(windows) command+option+alt+=(mac) 列求和 列和行一起求和(windows) 2. 固定行 添加$符號:快捷鍵 F4(windows) 操作系統不一樣,可以試試 Fn+F4(Ma

原创 Excel函數(五):條件統計

彙總本篇文章裏用到的函數: SUMIF;AVERAGEIF(單條件統計數值) COUNTIF(單條件計數) SUMIFS;AVERAGEIFS(多條件統計數值) COUNTIFS(多條件計數) 1. 單條件統計 SUMIF:對滿足條

原创 Excel函數(四):數據分佈和排名

彙總本篇文章裏用到的函數: FREQUENCY (求頻率分佈) RANK;LARGE;SMALL (求排名分佈) 1. 繪製頻率分佈直方圖 FREQUENCY:以一列垂直數組返回某個區域中數據的頻率分佈。 使用方法: FREQUEN

原创 Excel函數(三):文本查找和數據清洗

彙總本篇文章裏用到的函數: FIND (查找字符串位置) IF+FIND (判斷字符串是否被包含) LEFT+FIND (郵箱名中找姓名) IF+LEN(判斷字符串長度是否正確) DELTA (數值覈對) EXACT (字符串覈對) C

原创 Day1 excel字符串處理

1. 文本大小寫轉換(PROPER;UPPER;LOWER) PROPER:將一個文本字符串的首字母及任何非字母字符之後的首字母轉換成大寫,將其餘的字母轉換成小寫。 UPPER:將文本字符串轉換成字母全部大寫形式。 LOWER:將文本字符串

原创 Day2 excel數值轉中文文本(適合財務)

1. NUMBERSTRING 1.1 使用方法 NUMBERSTRING(單元格,模式參數) 數值 函數 結果 100000 NUMBERSTRING(A2,1) 一十萬 100000 NUMBERSTRING(A3,2

原创 關於t檢驗記錄

什麼是t檢驗? t檢驗,亦稱student t檢驗(Student's t test),主要用於樣本含量較小(例如n < 30),總體標準差σ未知的正態分佈。 t檢驗是用t分佈理論來推論差異發生的概率,從而比較兩個平均數的差異是否顯著。它

原创 seed extension算法(Needleman-Wunsch和Smith-Waterman)

比較兩條序列的相似性,不可能用眼睛去比較。因此,序列比對法是序列比對的標準方法。 這篇文章主要講科學家使用動態規劃算法,運用特定的算法找出兩個或多個序列之間產生最大相似度得分的空格插入和序列排列方案。該算法更多得應用在比對軟件的seed

原创 seed alignment 算法(BWT)

人類的參考基因組大約含有31.6億個鹼基對,100萬條150bp讀長的read假若一一對應得通過Needleman-Wunsch算法(https://www.jianshu.com/p/85465f32273a)做雙序列比對,時間真讓人等

原创 bcftools常用命令總結

bcftools是一個用於檢測突變和處理vcf(variant call format)、bcf(vcf對應的二進制形式)文件的工具。雖然bcftools的大部分命令都可以直接處理沒有索引的bcf和vcf,但是個別命令需要建立索引。尤其當b

原创 BWA的命令總結

BWA是一種能夠將低差異度的序列比對到較大的參考基因組上的軟件。常常被用來處理質控後的clean reads,通過reads與參考序列比對,生成儲存變異信息的sam或bam文件。目前BWA存在3種比對算法,可支持長度在1Mb以內的read

原创 雙序列比對算法(Needleman-Wunsch和Smith-Waterman)

比較兩條序列的相似性,不可能用眼睛去比較。因此,序列比對法是序列比對的標準方法。 這篇文章主要講科學家使用動態規劃算法,運用特定的算法找出兩個或多個序列之間產生最大相似度得分的空格插入和序列排列方案。 例如:將測序獲得的reads比對到參