原创 RStudio能夠運行python了，改名爲“怕死禿頭工作站？？？”
RStudio能夠運行python了，改名爲“怕死禿頭工作站？？？” 故事背景 一個同學，告訴我，我之前寫的程序，運行不出來了…… 我一頭霧水，什麼情況，我寫的有bug？ 鏈接：https://mp.weixin.qq.com/
2020-06-30 00:58:24
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原创 使用R語言進行聚類分析：熱點圖+橫向聚類圖+縱向聚類圖
1. 數據格式：矩陣 包括行號和列號 2. 熱點圖+聚類 # 熱點圖 heatmap(Amat) 3. 縱向聚類圖1 # 橫向聚類1 library(amap) clu <- hclusterpar(Amat) plot(
2020-06-30 00:11:31
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原创 jupyter python函數幫助文檔的查看
1. function後面加問號 方法：鍵入一個函數，然後函數後面加?號執行： import numpy as np np.random.rand? 2. 快捷鍵：shift+tab 鍵入函數，然後點擊快捷鍵：shift+t
2020-06-30 00:11:31
原创 vcftools 安裝
1，編譯安裝 git clone https://github.com/vcftools/vcftools.git cd vcftools bash ./autogen.sh ./configure make make insta
2020-06-30 00:11:31
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原创 在Windows10下安裝個虛擬機學習Linux？
這是飛哥寫於2020年6月11日，學習Linux，安裝虛擬機勸退，配置網絡勸退，打開桌面版勸退。搜索全網沒有好的教程，自己下載軟件，自己安裝，自己寫操作說明，就是這麼的良心大大的…… 1. 軟件安裝：Vitural Box和C
2020-06-30 00:11:31
原创 筆記 | GWAS 操作流程4-1：LM模型assoc
1. GWAS筆記操作計劃 之前的教程中，我們使用的是別人模擬的數據，數據類型是二分類數據，這裏我們模擬一個數量性狀的連續性狀，做GWAS更有代表性。 我們先從沒有協變量的一般線性模型（LM）模型開始，然後加入數據類型的協變量，然
2020-06-26 16:09:13
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原创 R中openxlsx讀取excel2003版xls報錯： openxlsx can not read .xls or .xlm files!
報錯信息： openxlsx can not read .xls or .xlm files! 報錯原因： openxlsx不支持2003版excel格式的讀取。 解決方法：使用readxl包 library(readxl)
2020-06-26 16:09:13
原创 筆記 GWAS 操作流程4-5：LM模型+數值+因子+PCA協變量
飛哥感言： 從開始介紹plink做GWAS數據的質控，到構建模型，到定義協變量，已經灌了很多水，這篇是plink做GWAS的結尾，因爲plink做GWAS只有兩個模型可以用：GLM和logistic，前者分析數量性狀，後者分析二
2020-06-26 16:09:13
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原创 機器學習 | 使用statsmodels和sklearn進行迴歸分析
python中不像R中，默認的函數可以做迴歸分析lm，可以做方差分析aov，python中進行統計分析需要載入外在的包，這裏經常用到的是statsmodels和sklearn包，statsmodels風格還是和R語言類似，skle
2020-06-16 12:41:15
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原创 筆記 GWAS 操作流程5-2：利用GEMMA軟件進行LMM+PCA+協變量
這裏，我們用正常的GWAS分析，考慮所有的協變量（數值協變量+因子協變量）+ PCA協變量，然後用混合線性模型進行分析。 1. 協變量文件 c.txt文件 1 1 0 0 -0.0169445 0.00772371 -0.0297
2020-06-06 12:31:46
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原创 如何學習GWAS以及安利西瓜書
1. 江郎才盡怎麼講 那就開始回憶過去…… 開始講我有一個朋友…… 開始貼郵件來往，有人給我寫信…… 2. ok，貼郵件 有一個同學，給我寫了一封信，信中如李太白之行路難，欲渡黃河冰塞川，將登太行雪滿山…… 下載數據，下載不下來
2020-06-03 01:37:32
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原创 筆記 GWAS 操作流程5-1：根紅苗正的GWAS分析軟件：GEMMA
筆記 GWAS 操作流程5-1：根紅苗正的GWAS分析軟件：GEMMA 1. GEMMA軟件介紹 這個肯定厲害了，是大家閨秀，是名門望族，是根紅苗正的GWAS分析軟件。 GEMMA名稱來源： G： Genome-wide E：
2020-06-03 01:37:32
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原创 R腳本 如何判斷 參數是否存在
1. 問題提出 比如我編寫一個腳本，讀取一個數據的前6行，兩個參數： 數據名稱 行數（默認爲6） 怎麼判斷第二個參數是否存在呢？ 2. 問題解決 如果沒有這個參數，選擇默認6，如果有參數，按照參數的行數提取。 使用length
2020-06-03 01:37:32
原创 筆記 GWAS 操作流程4-4：LM模型+數值+因子協變量
GWAS分析時，無論是一般線性模型，還是廣義線性模型，都要對協變量進行處理。數值類型的協變量（比如初生重數值協變量，PCA的值）直接加進去，因子協變量（比如不同的年份，不同的地點，場等）需要轉化爲虛擬變量。如果一個分析中，既有數字
2020-05-26 05:26:52
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原创 筆記 GWAS 操作流程4-3：LM模型+因子協變量
1. 協變量文件整理 第一列爲FID 第二列爲ID 第三列以後爲協變量（注意，只能是數字，不能是字符！） 這裏協變量文件爲： [dengfei@ny 03_linear_cov]$ head cov.txt 1061 1061
2020-05-26 05:26:52
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