原创 GEO數據上傳

1、創建賬號 將數據上傳到GEO數據庫,首先要創建並登陸NCBI帳號, 然後進入提交的網址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/submission.html 以高通量測序數據爲例: 2.準備文件

原创 解決python中導出的pdf不能編輯問題

python默認輸出的pdf格式是type3,這種不能在 Adobe Illustrator中編輯文字等信息,需要改成type42. import matplotlib as mpl mpl.rcParams['pdf.fonttype']

原创 awk比較兩文件(-)

發現awk比較的時候可以用-代替某一個文件,這樣讓整個代碼更靈活: cat 2.txt | awk 'FNR==NR {x[$1];next} ($1 in x)' 1.txt - 取代第一個文件的位置: cat 2.txt | awk

原创 R語言z-score轉p.value

z-score計算方法爲: Z =(x-μ)/ σ μ爲均值,σ爲標準差。 以下是R中將z-score轉爲p.value的方法: pnorm(q, mean = 0, sd = 1, lower.tail = TRUE) q就是z-scor

原创 解決devtools.install中的/bin/gtar:not found問題

來自https://github.com/r-dbi/RPostgres/issues/110 中的解決方法。 ln -s /bin/tar /bin/gtar 在R中輸入: Sys.setenv(TAR = "/bin/t

原创 ggplot2 annotate文本設置意大利斜體

有時ggplot作圖時希望某些字變成斜體,可以導入Unicode包實現: library(Unicode) p.val <- ' < 1e-4' italic_p <- u_char_inspect(u_char_from_name("MA

原创 解決matplotlib中的Invalid DISPLAY variable錯誤

在本地pyplot畫圖可以運行,但是在服務器顯示以下錯誤: RuntimeError: Invalid DISPLAY variable 其實這是因爲matplotlib是默認畫圖backend是TkAgg,這個需要有GUI的圖形界面。只

原创 bigwig轉bed文件

bigwig轉bed文件首先需要將bigwig轉爲wig文件 conda install -c bioconda ucsc-bigwigtowig bigWigToWig signal.bigWig signal.wig 利用BEDOPS

原创 matplotlib圓環圖/餅圖顯示比值

構建一個顯示的數值的函數,將plt.pie中的autopct=該函數即可。 代碼: import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt import matplotlib as mpl m

原创 data.fame轉list

有一個叫group_g的data.frame,想按group那一列轉爲list,代碼如下: split(group_g,group_g[,2])

原创 對10X單細胞reads進行隨機抽樣

此功能使用樣本中的信息通過指定的道具對每個分子的讀數進行下采樣。然後,它基於具有非零讀取計數的分子構造一個UMI計數矩陣。目的是消除技術噪聲中的差異,這些差異可以按批次進行聚類,如downsampleMatrix中所述。 用downsamp

原创 scHCL || 鑑定人的單細胞數據細胞類型

install.packages('devtools') library(devtools) # scHCL requires ggplot2/reshape2/plotly/shiny/shinythemes/shiny install_

原创 ggplot重新畫seurat對象的聚類圖

library(tidyverse) library(ggplot2) library(RColorBrewer) umap_tx =seurat.integrated@[email protected] %>

原创 jupyter配置代碼自動補全

linux下安裝nbextensions,jupyter_nbextensions_configurator。 #安裝nbextensions pip install jupyter_contrib_nbextensions jupyte

原创 cellranger拆分BCL數據

cellranger mkfastq Illumina測序下機後的數據爲 原始數據(raw base call )BCL文件,拿到BCL文件之後,第一步是使用cellranger的cellranger mkfastq進行拆分數據,目的是將將