原创 GEPIA2021: TCGA免疫細胞分析數據庫
又一個腫瘤免疫分析利器 關於TCGA表達數據的分析。之前我們我們介紹過。目前可能用的最多的也就是GEPIA了。之前在GEPIA2發表的時候，我們對這個數據庫進行了介紹。最近。GEPIA的團隊發表了一個對免疫細胞進行相關分析的數據庫—GEPI
2021-06-26 12:40:53
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原创 免疫細胞和藥物治療的關係分析數據庫
由於現在免疫相關方面的內容十分的熱，也因此誕生了很多理由高通量測序來進行疾病免疫細胞評估的文章以及數據庫。我們之前介紹的TIMER2以及GEPIA2021都屬於這類的文章。這兩個數據庫只要還是集中在腫瘤當中基因和免疫細胞的關係分析。這個在我
2021-06-22 07:02:54
原创 一個血清學診斷標誌物需要具備哪些特徵
對於很多疾病的診斷而言，主要的金標準還是相對應組織的病理結果。基於組織的切片來進行診斷肯定是最正確的。但是，組織切除不論是從方式上還是結果上對患者是有一定的傷害性的。所以如果可以有在血中可以檢測的標誌物。那對於患者而言而言還是有很大的便捷性
2021-06-14 14:59:52
原创 circBase: circRNA經典數據庫
對於某一類領域的研究而言，總有一些經典的數據庫是在開始研究這個領域之前就需要知道的一些數據庫。如果要研究醫學方面的科研，那肯定是要了解pubmed的吧。那麼，如果要研究circRNA的話，那對於circBase(http://www.cir
2021-06-09 11:26:18
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原创 EMT在線分析網站
關於EMT 上皮間質轉換(Epithelial-mesenchymal transition, EMT)是一個腫瘤發生過程當中的一個重要過程。這個過程主要是通過上皮細胞失去細胞極性和細胞間粘附力，並獲得遷移和侵襲特性，成爲間充質幹細胞。通過
2021-06-02 08:15:31
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原创 模型類文章如何提高臨牀實用性
隨着醫院數據量的增加以及機器學習等算法的興起。目前有很多基於患者數據來進行模型預測的研究。例如我們之前介紹過的： 這個文章 PS： 除了這些利用臨牀數據來構建模型的文章，當然還有一些比如利用高通量測序的數據(例如TCGA數據庫)來進行基因相
2021-05-14 11:43:20
原创 CellMarker：細胞標誌物數據庫
我們都知道，細胞標誌物是我們用來對細胞定義和分選的重要標誌。當我們想查看某細胞的標誌物時，不可能對所有細胞都進行測序分析，首先，經費就燒不起。。。。。。 所以，今天小編就給大家介紹一個特別優秀的數據庫：CellMarker（http://b
2021-04-26 20:41:54
原创 可變剪切新模式： 外顯子內含子剪切
關於可變剪切，簡單而言就是，一個基因從DNA-mRNA的過程當中，由於剪切位點的不同，會形成不同的mRNA剪切變異體。對於可變剪切模式，之前的介紹TCGA SpliceSeq數據庫的時候提到了數據庫當中包含的其中7種可變剪切模式。 在這個數
2021-04-26 20:41:54
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原创 基因總體預後沒意義就真的沒意義了嘛
我們在研究基因對於某一個疾病預後是否有影響的時候。最直接的就是單純的做這個基因對所有患者的預後分析。如果預後有意義，就說明這個基因影響疾病的預後。如果沒有意義就說明這個基因不重要的嘛？當然也不是的。疾病的發展是一個多基因多因素相互影響的結果
2021-04-21 00:49:08
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原创 給差異高表達基因換一個熱點的說法:mRNA疫苗
對於mRNA疫苗而言，最近特別火的就是新冠方面的疫苗的嘛。其中有一些新冠的疫苗就屬於mRNA疫苗的。所謂mRNA疫苗反應的原理。就是把特異性可以翻譯成蛋白的mRNA打入到人體體內，進而mRNA可以翻譯成相關的蛋白，這些蛋白可以誘導機體產生特
2021-04-16 10:06:01
原创 在線聚類分析工具
對於高維度的數據分析而言，例如RNA-seq的數據。我們在得到數據想要解釋不同分組之間的差異的基因。往往都需要逐漸的降維來進行解釋。最普遍的方法通過差異分析—富集分析這樣的也算是一種逐步降維的操作。這樣這樣的分析，也有可能聚焦到很多個目標當
2021-04-16 10:06:01
原创 綜合性tRFs分析數據庫
前兩天我們對於tRFs的功能同時也推薦了幾個關於tRFs的數據庫。其中包括tRFs在TCGA當中研究的數據庫以及tRFs靶基因預測數據庫。這些數據庫都是基於分析好的數據來的。但是如果我們有自己的數據，想要分析相關的tRFs，但又不會用代碼進
2021-04-09 01:07:10
原创 利用醫院病案數據如何發表7分文章
對於醫院的工作人員而言，其實想要發表文章的話，有時候並不是一定需要去做實驗的。利用醫院的一些患者的臨牀數據，對這些數據進行相關的分析。同樣也是可以進行科學研究的。例如今天要介紹的這篇： 文章主要內容 對於這篇文章而言，作者主要是通過不
2021-04-09 01:07:10
原创 tRFs靶基因預測數據庫
在前幾天的介紹當中，我們通過一篇綜述瞭解到了tRNA的功能。其中在那篇綜述當中提到了四個和tRNA有關的數據庫。但是綜述當中介紹的數據庫基本上都是用於查詢tRFs的基本信息或者查看tRFs在腫瘤當中的作用。在綜述當中，我們也知道tRFs還有
2021-04-03 16:57:40
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原创 tRNA衍生片段在癌症的功能
tRNA衍生片段(tRNA fragments, tRF)是源自源自tRNA的的非編碼RNA(ncRNA)。但是tRF的產生不適隨機的tRNA降解產物。它實際上是由一組高度保守且精確的特異性切割機制控制的，這些切割機制最終產生的轉錄本長度爲
2021-04-03 16:57:40