原创 TCGA蛋白表達分析數據庫
功能蛋白質組學是對蛋白質在功能活性水平（例如表達和修飾）的大規模研究。對諸如癌症等複雜疾病的研究表明，遺傳改變並不能說明該疾病的所有原因。蛋白質水平和結構的變化也已顯示在腫瘤發展和進展中起關鍵作用，而遺傳變化並未反映出這一點。在癌症中，疾病
2021-03-27 15:40:41
原创 韋恩圖的在線繪製網站，必備！
看到下面這個圖，想必大家不會陌生，都能想到是韋恩圖嘛，畢竟是科研文章中最常見的圖形了，可以表示多個數據集之間的交互作用。但是具體怎麼畫呢？很複雜嗎？其實不需要用R語言，只要幾個簡單的在線網站就可以搞定。 下面小編給大家整理了幾個在線繪製韋恩
2021-03-27 15:40:31
原创 通過聊天的方式分析TCGA數據庫
之前我們介紹過一些用來預測基因在腫瘤當中表達情況的數據庫。例如，GEPIA、UALCAN這些的。這些的數據庫主要是通過輸入目標基因，同時點擊想要進行分析的模塊就可以返回相關的結果。如果厭倦了點點點的話，那可以瞭解一下今天介紹的這個工具，這個
2021-03-27 15:40:31
原创 從基因特徵到治療，這個nature protocols數據庫給了方法
對於醫學研究而言，除了要了解疾病的進展，其中重要的一個部分還是通過我們的研究來指導臨牀治療。這樣才能讓臨牀患者可以受益。目前在在腫瘤治療方面，基於基因特徵的個性化治療指南方案越來越多。但是目前研究的個性化治療方案還是有很多需要解決的問題。基
2021-03-27 15:40:31
原创 預後分析最佳cut-off選擇工具
在大家進行科研工作的過程中，拿到一個基因，獲取表達量後，總要先與預後來一波分析。分析過程中勢必會涉及到分組，說到分組，肯定是老生常談的以中位值，平均值，抑或是3分位數來進行。但是如果這樣分組後預後依舊沒有意義呢？就能說這個基因的表達與預後就
2021-03-27 15:40:31
原创 TCGA線粒體圖譜數據庫及線粒體基因集介紹
今天主要介紹兩個和線粒體有關的數據庫，其中一個是基於TCGA數據庫構建的The Cancer Mitochondrial Atlas。另外一個是收錄了和線粒體有關的基因集的數據庫：MITOCARTA3.0。 1. The Cancer Mi
2021-03-27 15:40:31
原创 如何快速的下載一個基因的核苷酸序列
對於一個基因進行研究的時候。經常需要研究對這個基因的序列進行研究。如果要下載一個基因序列的話，之前的做法也都是在不同的網站上各種點點點，在多個鏈接下面才能找到基因序列下載的地方。 最近在GENE數據庫的更新當中，我們只需要進入到目標基因界面
2021-03-27 15:40:31
原创 2021.03在線數據庫彙總
在3月期間，總共發表了醫學相關在線數據庫22個。下面就來給大家介紹一下主要有哪些數據庫，以及筆者比較感興趣的數據庫。如果想要所有相關數據庫信息的，後臺回覆：2103。 1. 疾病和藥物相關數據庫 在這個部分，一共發表了2個數據庫。其中有四個
2021-03-27 15:40:31
原创 轉移性腫瘤數據集介紹：Met500
在昨天我們介紹OCTAD數據庫的時候，提到這個在OCTAD當中，用到了一個腫瘤相關的公共數據集Met500。這個相比較而言，沒有TCGA數據庫那麼出名。但是對於研究腫瘤轉移方面而言，這個數據庫還是有用的。所以，今天我們就來簡單的介紹一下Me
2021-03-27 15:40:31
原创 跟十分文章學做圖
一千個讀者有一千個哈姆雷特。對於文獻的閱讀同樣也是的，我們在閱讀文獻之前都是帶着各種目的去閱讀的。比如需要寫一篇綜述，那閱讀文獻的時候，主要是來想要知道這篇文獻目前的結論是什麼；又比如想要學習文章的整體思路進而來豐富自己的課題方向。當然文章
2021-03-22 18:52:12
原创 基於pubmed文獻分析網站推薦
對於文獻檢索而言。一些輔助的工具，可以幫助我們更好的瞭解檢索到的主要內容。之前我們介紹過一介紹過幾個可以用來進行分析的工具。比如：connectedpapers、LitSense、PubTator。以上的這些工具各有各的用途。今天就來在給大
2021-01-30 17:12:15
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原创 基於代謝反應軸的基因分型文獻解讀
對於公共數據庫分析的文章而言。目前傳統的差異表達分析的思路而言，已經比較老套了。目前更多的可能是基於某一個熱點來進行相關的分析。比如之前我們介紹過的一些和免疫相關的分析。另外比如今天介紹的這個和代謝相關的文獻。 這個是20年發表在CCR上
2021-01-30 17:12:15
原创 TCGA腸道菌羣數據庫
我們知道TCGA數據庫包括很多患者的二代測序的數據。關於二代測序。之前我們就介紹過，其實二代測序的數據是是一部分所有細胞的核苷酸序列。對於這一部分的序列，只是看我們拿什麼背景物種的參考基因組，就可以比對什麼就得到什麼數據。因此，如果使用微生
2021-01-12 21:51:43
原创 腫瘤相互作用分析數據庫
對於相互作用分析的而言，我們之前介紹過STRING、BioGRID和ConsensusPathDB兩個數據庫。其中STRING和ConsensusPathDB是一個綜合性的查詢蛋白相互作用的數據庫；BioGRID是一個查詢單基因相互作用的數
2021-01-12 21:51:43
原创 非編碼RNA(ncRNA)分類總結
基於生物研究的中心法則而言，一般來說一個基因是從DNA- RNA-蛋白的過程。但是在研究過程當中，總有一些基因是不會最後翻譯成蛋白的。所以我們就把這種不翻譯成蛋白的RNA叫做非編碼RNA(non coding RNA, ncRNA)。這裏我
2021-01-09 21:44:20