原创 【陪你學·R語言繪圖】學術圖表介紹

本想着寫一篇介紹論文中各種類型圖表的推送,但是着筆介紹時又覺得不如一起繪圖吧!各類學術圖表都萬變不離其宗,以圖的形式將處理後的數據展示出來(主要指的是數據展示圖,還有實驗拍攝圖和流程示意圖,這裏就不講後面的兩種了)。如果大家想要回看這個系列

原创 關於碩博開題

寫在前面開題報告PPT包含內容一、研究背景研究背景的介紹可以體現我們對課題的瞭解程度,是爲了引出我們的課題或者強調課題的創新點等。以我的專業(植物病理)簡單介紹一下。如果一位同學研究的是番茄上的新病害及其分類和快速鑑定方法等,那麼可以通過一

原创 【陪你學·生信】Bioinformatics For Dummies完結撒花

【陪你學·生信】序【陪你學·生信】一、生信能幫我們做什麼【陪你學·生信】二、一些你肯定會用到的生信工具和基本操作【陪你學·生信】三、核苷酸序列數據庫的使用【陪你學·生信】四、蛋白質相關的數據庫【陪你學·生信】五、當你有一段待分析的DNA序列

原创 【陪你學·生信】十三、蛋白質3D結構簡單預測

​我們關注蛋白質的功能,而結構和功能聯繫緊密。一旦在氨基酸序列水平發現有趣的序列(比如一個模體(motif)或者進化上保守的片段),下一步往往就是研究這段序列的3-D結構。(試圖解決以下問題:這段氨基酸序列是否有助於蛋白質結構的穩定?爲什麼

原创 【陪你學·生信】十二、RNA相關的簡單分析

​本章將介紹一些極簡單的RNA生信分析,如利用在線網站預測RNA分子二級結構,分析非編碼RNA(non-coding RNA)等。前面我們講過DNA,蛋白質。而RNA分子的功能則更全面,它可以像DNA一樣承載遺傳信息,也可以像蛋白質一樣催化

原创 【現學現賣·文獻】病毒宏基因組分析相關文獻(1)

​一、污水中病毒組最近在看一些病毒宏基因組的論文。前幾篇可能看得認真和全面一點,寫得也會多,後面的論文方法什麼的應該大同小異,就只總結流程圖和“小異”。1.大致內容流程圖2.方法和結果(1)viral particles:收集的污水樣品保存

原创 【陪你學·生信】十一、構建系統發育樹

這個推送主要是系統發育樹相關內容(內容很多,但這篇文章並不包含多基因級聯建樹,挖個坑下次寫。我將一些tips和操作示例寫在了可以划動的模塊裏(只能在公衆號裏划動,簡書粘貼不來),讓整篇推送看起來結構清晰,如果不想看可以跳過划動部分)。上一個

原创 【陪你學·生信】十、編輯對多序列比對結果

​一般多序列比對的結果都需要進行編輯再進行下一步分析。這個推送中用於舉例操作的比對結果可以在網站下載:http://www.tcoffee.org/dummy_aln.htmlFig.1 ClustalW / ALN格式的數據一、MSA的數

原创 【野生小科普】雙子座流星雨

今天看了好久雙子座流星雨的線上直播。把截圖PS了一下,分享給大家。圖片中間偏右上的一小團星團是昴星團,夾在兩個流星軌跡中間,好閃亮。其實這四顆流星是我PS到一張的哈哈哈哈,截圖畫質也有P。這個直播已經相當高清了,今晚流星頻率也算是很高。不過

原创 【陪你學·生信】九、多序列比對-Multiple Sequence Alignment(MSA)

一、多序列比對能幹嘛?下面是多序列比對的主要應用:1. 推測——Extrapolation可以推測一條未知的aa序列屬於某個已知的蛋白質家族或者擁有相似蛋白質結構域甚至相似的蛋白質3D結構等。2. 系統發育分析——Phylogenetic 

原创 【野生小科普】人工智能Alpha AI

最近發生的科技事件好多呀,本想全部彙總寫在一個小科普里,但篇幅太長了。那麼今天就先介紹一下由DeepMind開發的可以預測蛋白質3D結構的AlphaFoldⅡ。AlphaFoldⅡ​綠色是實驗測定結構,藍色爲計算預測結構。可見AlphaFo

原创 【現學現賣·文獻】二、真菌病毒的傳播

Extracellular transmission of a DNA mycovirus and its use as a natural fungicide(喜歡 SsHADV-1 這一系列的文章,哈哈哈,感覺很絲滑)簡介 真菌病毒一般

原创 【現學現賣·文獻】三、病毒侵染真菌(實驗)

一、純化的病毒粒子轉化法侵染兩篇文章均是差速離心法分離得到的病毒粒子+真菌原生質體(【現學現賣】實驗-PEG介導原生質體轉化;【現學現賣】實驗-製備真菌原生質體)→PEG介導的原生質體轉化法,最終使病毒侵染了真菌。二、構建全長cDNA,體外

原创 【野生小科普】病毒、算法和狗

1.算法診斷如果我們問Siri,“Siri,我得了COVID-19嗎?”它大概會在網上搜索一堆症狀出來。但或許不久後,手機裏就會有一個通過咳嗽聲、呼吸聲或大聲講話來檢測新冠的“家庭醫生”。目前一些大學和公司已經在着手做這類研究,使用機器學習

原创 【現學現賣·綜述】鐮刀菌中的病毒

最近爲了新實驗看了些文獻,順便整理一下。今天的推送是關於【鐮刀菌病毒】主題的文獻綜合,本文相較之前寫的,內容上更系統全面,不過不夠深入。後面會陸續推送更詳細的針對二(今天的P2)、三、七部分的文獻整理,感興趣的話可以閱讀明後天或更後天的內容