使用R語言畫火山圖詳細步驟

1.導入數據包：

library(ggplot2)

2.讀取csv文件：
data=read.table(file="c:\\PPV-vs-PPV_TVMV.csv",header=T,row.names=1,sep=",")

3.設置橫軸和縱軸

r03=ggplot(data,aes(log2FoldChange,-1*log10(pvalue)))

4.顯示火山圖
r03+geom_point()

5.改變點的顏色

5.1設置火山圖點的顏色（只能設置一種）
r03 +geom_point(aes(color ="red"))    //添加標註
5.2設置火山圖點的顏色（顏色種類由significant來確定，significant是數據表中的一列，相當於一個tag）
      r03 + geom_point(aes(color =significant))
      addcolor=r03 + geom_point(aes(color =significant))
      addcolor

6.設置座標軸範圍和標題 #橫座標範圍：xlim()，縱座標範圍：ylim()函數，添加標籤：labs(title=“..”,x=“..”,y=“..”)函數r03xy=addcolor+xlim(-4,4)+ ylim(0,30)+ labs(title="Volcanoplot",x=expression(log2(log2FoldChange)),y=expression(-log10(pvalue)))

 r03xy

7.自定義顏色（要與指定顏色數量一致）
volcano= r03xy +scale_color_manual(values =c("green","black", "red"))
volcano

8.添加閾值線（y軸截距，橫座標範圍）
addline=volcano+geom_hline(yintercept=1.3)+geom_vline(xintercept=c(-1,1))
addline

9.保存圖片(名稱，圖，寬，高)：
ggsave("volcano8.png",volcano,width=8,height=8)



第二種（沒有第一種圖好看）：
導包
library(ggplot2)
讀數據
data=read.table(file="c:\\PPV-vs-PPV_TVMV.csv",header=T,row.names=1,sep=",")
設置閾值
threshold<-as.factor((data$log2FoldChange>1 | data$log2FoldChange < -1) & data$pvalue < 0.01)
畫圖
ggplot(data,aes(log2FoldChange,-1*log10(pvalue),colour=threshold))+geom_point()