GO富集分析對老師們來說想必都不陌生，幾乎在任何項目中都會出現。今天就給大家介紹一款簡單易學又好用的富集分析小軟件---BiNGO。它是Cytoscape軟件中很出色的一個插件。它提供的結果中除了文本格式的富集分析結果外，還會將結果以網絡圖的形式展現，非常美觀。
第一， 安裝BiNGO插件。
打開Cytoscape軟件，點擊選項欄“Apps”-“AppManager”，選擇“BinGO”，點擊“Install”，就可以下載了。可能會稍微有一點慢，請耐心等待一下。
下載完成後，在“Apps”的下拉菜單中就可以點擊“BiNGO”來使用了。
第二， 準備相關文件。
首先，您手上必須要有很多需要做GO分析的基因，數量宜多不宜少，太少的話做富集分析的意義不大。其次，還需要準備2個文件：GO註釋文件和GO分類文件。這兩個文件可以到GO官網中下載。當然，也可以利用BiNGO插件自帶的註釋文件和分類文件，只是更新不會很及時。
第三， 導入數據。
打開BiNGO後會出現如下界面，按照順序依次填入相關信息。
3.1 起一個簡單易懂好辨識的名字。
3.2 選擇“Paste Genes from Text”，將所要分析的基因複製到紅框內，可以採用換行符或空格分隔。
3.3 設置p值，一般默認爲0.05，可以根據需要來更改。
3.4 導入GO功能分類文件，選擇“Custom”，然後導入之前下載好的ontology文件即可。
3.5 選擇
namespace，一般常用的方法是按照”biological_process”、”cellular_component”、“molecular_function”分別來做。
3.6 導入GO註釋文件，同上，選擇“Custom”，導入下載好的註釋文件。需要注意一點，註釋文件必須命名爲”gene_association.***”格式，***可以隨意命名，如果命名不正確會導致分析不能正常進行。
3.7 選擇BINGO結果放置的路徑
除上述需要修改的參數外，其他參數選擇默認值即可。
3.8 設置完成後，點擊最下方的“Start BiNGO”就開始分析啦，如果出現如下提示，點擊確定即可。
第四， 結果展示：
4.1 GO富集分析的結果爲“.bgo”結尾的文件，可在設置的輸出結果文件夾內用txt打開查看。
x：所分析的基因富集到該GO term中的數量；
n：基因組中富集到該GO term中的數量；
X：所分析基因的總數
N：基因組中基因的總數
4.2 GO富集分析的層級網絡圖。每一個圈代表了一個GOterm；顏色是根據富集度即”corrp-value”進行着色的，顏色越深表示富集度越顯著；箭頭的方向則表示層級關係。
以上便是利用Cytoscape的BINGO插件進行GO分析的全部流程，是不是很簡單？趕緊動手實踐一下吧。