GFF文件轉換成GTF文件的步驟

1、首先需要安裝Cufflinks軟件：

執行命令： gffread **.gff -T -o **.gtf   

例如：gffread test.gff -T -o test.gtf

安裝Cufflinks的步驟：

1. 爲了安裝Cufflinks，必須有Boost C++ libraries。下載Boost並安裝。默認安裝在/usr/local。

    $ tar jxvf boost_1_53_0.tar.bz2

    $ cd boost_1_53_0

    $ ./bootstrap.sh

    $ sudo ./b2 install

2.安裝SAM tools（前面已經介紹了samtool的詳細安裝步驟）。

    $ tar jxvf samtools-0.1.18.tar.bz2

    $ cd samtools-0.1.18

    $ make

    $ sudo su 

    # mkdir /usr/local/include/bam

    # cp libbam.a /usr/local/lib

    # cp *.h /usr/local/include/bam/

    # cp samtools /usr/bin/

3. 安裝 Eigen libraries。

 下載Eigen

   $ tar jxvf 3.1.2.tar.bz2

   $ cd eigen-eigen-5097c01bcdc4

   $ sudo cp -r Eigen/ /usr/local/include/

4. 安裝Cufflinks。

   $ tar zxvf cufflinks-2.0.2.tar.gz

   $ cd cufflinks-2.0.2

   $ ./configure --prefix=/path/to/cufflinks/install --with-boost=/usr/local/ --with-eigen=/usr/local/include//Eigen/

   $ make

   $ make install

5. 可以直接下載Linux x86_64 binary。不需要上述繁瑣步驟，解壓後的程序直接可用。