超算LSF系統提交python作業

一,添加所用python的環境變量(添加過的可以忽略這一步)

export PATH=/...........:$PATH     (……代表python路徑)

source ~/.bashrc

二,編寫腳本(以我的爲例,***爲隱私,路徑對了就行)

windows系統下新建文本文檔,輸入下面這段代碼:

#!/bin/sh
#BSUB -q gpu
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -n 28
#BSUB -a python

python /***/home/***/data/input_data/chaosuan.py

保存爲my_train.lsf

三,提交作業

將my_train.lsf文件移入超算系統下(如/***/home/***)

注意:

①如果此時提交作業bsub < my_train.lsf至少會報一個錯:bin/sh^M: bad interpreter: No such file or directory

這個錯誤的原因就是.lsf文件是在windows下改的,解決辦法是

vi my_train.lsf

:set ff 或 :set fileformat

可以看到如下信息 

fileformat=dos 或 fileformat=unix 

利用如下命令修改文件格式 

:set ff=unix 或 :set fileformat=unix 

:wq (存盤退出)

(這裏解決涉及到vi的使用:vi 文件後,是隻讀模式,不能編輯,隨便敲個鍵或者I鍵會進入編輯模式,移動光標即可到指定位置。修改完畢後:wq保存退出,或者:q!不保存強制退出)

②報了好幾個關於import matplotlib.*** as ***的錯誤(當然你們或許不會報這個錯)

解決辦法:

1)首先考慮重裝matplotlib這個模塊,你們也試一試,對染我的試過了,沒能解決

2)找到..../Anaconda3/lib/site-packages/matplotlib/font_manager.py這個文件

cd 到這個目錄下..../Anaconda3/lib/site-packages/matplotlib

vi font_manager.py

在231行,(前後幾行找找)

把 direc = os.path.abspath(direc).lower()

改爲 direc = direc.split('\0', 1)[0]

然後按esc退出編輯,用:wq保存並退出

至此,就能正確提交作業,且能正常運行了

最後bsub < my_train.lsf 提交作業!!


發表評論
所有評論
還沒有人評論,想成為第一個評論的人麼? 請在上方評論欄輸入並且點擊發布.
相關文章