R語言實際上是函數的集合，用戶可以使用base，stats等包中的基本函數，也可以自己編寫函數完成一定的功能。但是初學者往往認爲編寫R函數十分困難，或者難以理解。這裏對如何編寫R函數進行簡要的介紹。
函數是對一些程序語句的封裝。換句話說，編寫函數，可以減少人們對重複代碼書寫，從而讓R腳本程序更爲簡潔，高效。同時也增加了可讀性。一個函數往往完成一項特定的功能。例如，求標準差sd,求平均值，求生物多樣性指數等。R數據分析，就是依靠調用各種函數來完成的。但是編寫函數也不是輕而易舉就能完成的，需要首先經過大量的編程訓練。特別是對R中數據的類型，邏輯判別、下標、循環等內容有一定了解之後，纔好開始編寫函數。 對於初學者來說，最好的方法就是研究現有的R函數。因爲R程序包都是開源的，所有代碼可見。研究現有的R函數能夠使編程水平迅速提高。
R函數無需首先聲明變量的類型，大部分情況下不需要進行初始化。一個完整的R函數，需要包括函數名稱，函數聲明，函數參數以及函數體幾部分。
1. 函數名稱
即要編寫的函數名稱，這一名稱就作爲將來調用R函數的依據。
2. 函數聲明
包括 <- function, 即聲明該對象的類型爲函數。
3. 函數參數
這裏是輸入的數據，函數參數是一個虛擬出來的一個對象。函數參數所等於的數據，就是在函數體內部將要處理的值，或者對應的數據類型。 函數體內部的程序語句進行數據處理，就是對參數的值進行處理 ，這種處理只在調用函數的時候纔會發生。函數的參數可以有多種類型。R help的界面對每個函數，及其參數的意義及所需的數據類型都進行了說明。
4. 函數體
常常包括三部分。
1. 異常處理
輸入的數據不能滿足函數計算的要求，或者類型不符， 這時候一定要設計相應的機制告訴用戶，輸入的數據在什麼地方有錯誤。 錯誤又分爲兩種。
（1）第一種， 如果輸入的數據錯誤不是很嚴重，可以經過轉換，變爲符合處理要求的數據時， 此時只需要給用戶一個提醒，告知數據類型不符，但是函數本身已經進行了相應的轉換。
（2）第二種，數據完全不符合要求，這種情況下，就要終止函數的運行，而告知因爲什麼，函數不能運行。這樣，用戶在 使用函數的情況先才不至於茫然。
2. 運算過程
包括具體的運算步驟。 運算過程和該函數要完成的功能有關。
R運算過程中，應該儘量減少循環的使用，特別是嵌套循環。R提供了 apply，replicate等一系列函數，來代替循環，應該儘量應用這些函數， 提高效率。 如果在R中實在太慢，那麼核心部分只能依靠C或者Fortran 等語言編寫，然後再用R調用這些編譯好的模塊，達到更高的效率。
運算過程中，需要大量用到if等條件作爲判別的標準。if和while都是需要數據TRUE/FALSE這樣的邏輯類型變量，這就意味着，if內部，往往是對條件的判別，例如 is.na, is.matrix, is.numeric等等，或者對大小的比較，如，if(x > 0)， if(x == 1)， if(length(x)== 3)等等。if後面，如果是1行，則花括號可以省略，否則就必須要將所有的語句都放在花括號中。這和循環是一致的。
例子1
##if與條件判斷
fun.test <- function(a, b, method=c("add", "subtract")){
if(method == "add"){
res <- a + b
}
if(method == "substract"){
res <- a - b
}
return(res)
}
##檢驗結果
fun.test(a = 10, b = 8, method = "add")
fun.test(a = 10, b = 8, method = "substract")
> fun.test(a = 10, b = 8, method = "add")
[1] 18
> fun.test(a = 10, b = 8, method = "substract")
[1] 2
#如果if或者for/while等後面的語句只有一行，則無需使用花括號。
#for循環有些時候是必須要用到的，for循環內部，往往需要用下標，訪問數據內的一定元素，例如向量內的元素，這時候用方括號表示。例子2 for循環與算法
test.sum <- function(x){
res <- 0
for(i in 1:length(x)){
res <- res + x[i]
}
return(res)
}
a <- c(1,2,1,6,1,8,9,8)
test.sum(a)
sum(a)3. 返回值。
返回值就是函數給出的結果。打個比方，編寫一個函數，就像自己攢一個機器，例如現在攢好 一臺豆漿機，該豆漿機要求輸入大豆，輸入的大豆就是參數， 返回的結果，就是豆漿。如果該豆漿機需要不停地輸入大豆， 而不能產出豆漿，這樣的機器就一定會被扔掉。函數也是一樣的， 需要給出返回值。 R中默認的情況是將最後一句作爲返回值。但是爲了函數的可讀性起見，應該儘量指名返回值。返回值用return()函數給出。 函數在內部處理過程中，一旦遇到return()，就會終止運行， 將return()內的數據作爲函數處理的結果給出。
例3 計算標準差
sd2 <- function(x){
# 異常處理，當輸入的數據不是數值類型時報錯
if(!is.numeric(x)){
stop("the input data must be numeric!n")
}
# 異常處理，當僅輸入一個數據的時候，告知不能計算標準差
if(length(x) == 1){
stop("can not compute sd for one number,a numeric vector required.n")
}
x2 <- c()
meanx <- mean(x)
for(i in 1:length(x)){
xn <- x[i]-meanx
x2[i] <- xn^2
sum2 <- sum(x2)
sd <- sqrt(sum2/(length(x)-1))
return(sd)
}
}
## 程序的檢驗
## 正常的情況
> sd2(c(2,6,4,9,12))
[1] 2.3
## 一個數值的情況
> sd2(3)
Error in sd2(3) :
can not compute sd for one number,a numeric vector required.n
## 輸入數據不爲數值類型時
> sd2(c("1", "2"))
Error in sd2(c("1", "2")) : the input data must be numeric!n再有就是編寫R函數時一定要注意縮進，編輯器用Notepad++, TinnR, Rstudio等，同時用等距字體（如Consolas, Courier new等）和語法高亮顯示。這樣便於快速尋找到其中的錯誤。