網上有一些文章介紹將Tomcat源代碼導入Eclipse並運行。然而，這些文章幾乎都沒有提及classpath的設置。
使用默認的classpath會使Eclipse中運行的Tomcat與發行版Tomcat（通過startup.bat等方式運行）的system class loader所能加載到的類不同，這樣可能導致一些問題。例如部署shopizer 1.1.5（http://www.shopizer.com/）應用時，在Eclipse中運行的Tomcat會有如下異常信息：
java.lang.VerifyError: (class: org/springframework/mail/javamail/JavaMailSenderImpl, method: doSend signature: ([Ljavax/mail/internet/MimeMessage;[Ljava/lang/Object;)V) Incompatible argument to function
而發行版Tomcat沒有問題。
我們試圖通過Eclipse的run configuration設置使Tomcat在運行時的classpath等各種配置信息與發行版Tomcat儘量保持一致。
我們使用Eclipse 3.6.2，將Tomcat 6.0.32源代碼導入（導入方法不再贅述，請參考網上其他文章）。假設Tomcat源代碼所在目錄爲“E:\tomcat6”，Ant builder（需要自己工程的“Builders”裏添加一個“Ant Builder”，Buildfile選工程根目錄下的build.xml）的輸出目錄爲“E:\tomcat6\output\build”（這是Tomcat的build.xml的默認設置）。
新建一個run configuration，Main class選擇org.apache.catalina.startup.Bootstrap，如下圖所示：
Program arguments填“start”，VM arguments填如下內容：
-Djava.util.logging.config.file="E:\tomcat6\output\build\conf\logging.properties" -Djava.util.logging.manager=org.apache.juli.ClassLoaderLogManager -Djava.endorsed.dirs="E:\tomcat6\output\build\endorsed" -Dcatalina.base="E:\tomcat6\output\build" -Dcatalina.home="E:\tomcat6\output\build"
-Djava.io.tmpdir="E:\tomcat6\output\build\temp"
如下圖所示：
在Classpath選項卡中，刪除User Entries下的所有內容，然後點“Add Jars”，將工程中的output\build\bin\bootstrap.jar加入，如下圖所示：
這樣就可以運行了。部署shopizer 1.1.5應用也沒有問題。