1. InnoDB支持事務，MyISAM不支持，對於InnoDB每一條SQL語言都默認封裝成事務，自動提交，這樣會影響速度，所以最好把多條SQL語言放在begin和commit之間，組成一個事務；
2. InnoDB支持外鍵，而MyISAM不支持。對一個包含外鍵的InnoDB錶轉爲MYISAM會失敗；
3. InnoDB是聚集索引，數據文件是和索引綁在一起的，必須要有主鍵，通過主鍵索引效率很高。但是輔助索引需要兩次查詢，先查詢到主鍵，然後再通過主鍵查詢到數據。因此，主鍵不應該過大，因爲主鍵太大，其他索引也都會很大。而MyISAM是非聚集索引，數據文件是分離的，索引保存的是數據文件的指針。主鍵索引和輔助索引是獨立的。
4. InnoDB不保存表的具體行數，執行select count(*) from table時需要全表掃描。而MyISAM用一個變量保存了整個表的行數，執行上述語句時只需要讀出該變量即可，速度很快；
5. MyISAM支持全文索引，查詢效率上MyISAM要高，從5.6開始Innodb也支持全文索引；
如何選擇：
1. 是否要支持事務，如果要請選擇innodb，如果不需要可以考慮MyISAM；
2. 如果表中絕大多數都只是讀查詢，可以考慮MyISAM，如果既有讀寫也挺頻繁，請使用InnoDB。
3. 系統奔潰後，MyISAM恢復起來更困難，能否接受；
4. MySQL5.5版本開始Innodb已經成爲Mysql的默認引擎(之前是MyISAM)，說明其優勢是有目共睹的，如果你不知道用什麼，那就用InnoDB，至少不會差。