我是centos系统，是通过下面的方法解决的
编译MySQL的过程中提示：
/bin/rm: cannot remove `libtoolt': No such file or directory
解决：
1、确认libtool是否已经安装，如果没有安装的话，则先安装libtool
# yum -y install libtool
2、分别执行以下三条命令：
# autoreconf --force --install
# libtoolize --automake --force
# automake --force --add-missing
再重新编译安装，问题解决！
在网上也看到有别的办法，但是我没有测试过，例如：
这时直接打开 configure，把 $RM “$cfgfile” 那行删除掉，重新再运行 ./configure 就可以