使用多基因構建ML樹時，需要將不同基因分區，以保證各基因估算出不同的進化速率。如有5個基因，最少要分5區。
如有蛋白質基因（如CO1，H3），由於蛋白質3rd Coden 密碼子的擺動性，需要將1st，2nd Coden分成一區，3rd Coden分成一區，用XX-XX\3的形式書寫（相見RaxMl或IQTREE的使用說明）。
那麼，如何判斷蛋白質基因中每一個位點屬於那個密碼子位點呢？可以先看NCBI中translation字段給出的該基因翻譯出的蛋白質編碼，再用Seaview軟件翻譯對齊好的序列，看序列對齊的起點是哪裏。如果Seaview結果與NCBI不一致，可嘗試在序列前端添加若干“-”，直至翻譯出的蛋白序列與NCBI的吻合（可以用Seaview的Creat Set功能輔助標記1st-2nd Coden位置）。這樣，看原始第一個位點屬於哪位密碼子，則以後依此類推就能得出結論。