原创 NCBI中Entrez Direct的使用
NCBI作爲一個巨大的bioinformatics數據庫，除了提供B/S界面的查詢外，還提供了許多工具查詢和下載DB中的數據。本文介紹其中最強大的一種Entrez Direct（Edirect），這是NCBI官方提供的UNIX平臺DB數據
2020-06-15 06:01:09
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原创 實戰：用BEAST構建帶分子鐘的皿蛛分子系統發育樹
一、取樣：以Wang et.al,2015中L148_r樹的taxa爲基礎，去除重複的taxa，最終得到122個taxa。DNA序列數據L122.nex, 起始樹爲ML法推斷出的besttree。 二、生成XML文件 A
2020-06-15 06:01:09
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原创 使用GENBANK數據進行分子系統發育樹的構建
一、引言 GENBANK是目前最大而權威的分子序列數據庫，調用其中數據可以進行分子系統發育樹的構建。 1、序列數據獲取（以皿蛛系統發育樹爲例） 在GenBank中，每一個物種或階元都有一個taxid，他是taxa的ID。
2020-06-15 06:01:09
原创 更新NCBI中taxdmp數據
NCBI中的taxonomy信息可以通過FTP進行批量下載，獲取的txt文檔可以導入DB中，並用sql語言的遞歸查詢工具篩選出所有蜘蛛目的taxa，並單獨存儲成SIG_TAXDMP_NAMES和SIG_TAXDMP_NODES兩張表。以供
2020-06-15 06:01:09
原创 Win8下VTK的安裝
一、軟件準備 1、vtk-5.10.1.zip和vtkdata-5.10.1.zip； 2、cmake-2.8.10.2-win32-x86.exe（編譯程序) 3、ActiveTcl8.5.13.0.296436-win32-ix86-
2020-06-15 06:01:09
原创 VSFTPD設置-允許root賬戶登錄ftp
在centos中，vsftpd默認設置爲禁止root賬戶登錄ftp，在filezilla celient中，顯示如下錯誤信息： 狀態: 正在連接 【ip】 狀態: 連接建立，等待歡迎消息... 狀態: 不安全的服務
2020-06-15 06:01:09
原创 強大的oracle函數wm_concat
http://blog.sina.com.cn/s/blog_03c54d100101abqd.html http://blog.163.com/it_novice/blog/static/20918306920133256243305
2020-02-20 13:53:34
原创 BEAST推斷貝葉斯樹時如何使用bModelTest選擇最優分子替換模型
在Beautit的Site Model中選擇BEAST Model Test，在下面的選項中選擇transition TransversionSplit，之後正常做mcmc跑樹。用Tracer和bModelTestAnalyser查看結果
2019-03-30 13:04:25
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原创 使用ModelFinder確定BEAST2中最優DNA分子替換模型
DNA分子替換模型的選擇是成功構建分子系統發育樹的關鍵因素。使用IQ-tree自帶的ModelFinder模塊能夠確定分子序列中每個分區使用的最優DNA分子替換模型。該模型參數可直接用於BEAST2中。 以下是應用實例： 這是B
2018-11-13 01:39:46
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原创 構建ML分子系統發育樹如何分區
使用多基因構建ML樹時，需要將不同基因分區，以保證各基因估算出不同的進化速率。如有5個基因，最少要分5區。 如有蛋白質基因（如CO1，H3），由於蛋白質3rd Coden 密碼子的擺動性，需要將1st，2nd Coden分
2018-09-15 01:26:09
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原创 Getfasta--根據Acession Number（Ac號）批量下載GenBank分子序列數據的自動化程序
推斷分子系統發育樹時，很多分子序列數據都是從GenBank等公共數據庫下載的。當數據很多時，每條序列都要檢索、下載十分耗時，而且容易出錯。作者基於NCBI官方提供的Entrez direct軟件包，二次開放了能批量下載GenBank
2018-09-04 14:44:10
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原创 安裝Bioperl最基本模塊Bio::SeqIO
Bioperl就像個大櫃子，裏面存放各種模塊。Bio::SeqIO是Bioperl最基本的模塊，本文介紹其在CentOS7-64bit下的安裝方法。 STEP1：prepare to install yum update #更新yu
2018-09-04 14:44:10
原创 Phylogenetic Inference 兩個重要工具
1.在線計算網站The CIPRES Science Gateway V. 3.1http://www.phylo.org/sub_sections/portal/2.IQ-TREE 新一代PI工具http://www.iqtree.or
2018-09-04 14:44:10
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原创 更改oracle賬戶密碼
今天通過NaviCat連接數據庫，提示一賬戶密碼過期，需要更改密碼。在客戶端輸入新密碼後總是顯示錯誤，不知何故？後來用putty遠程登陸服務器，在服務器端通過sqlplus進入該賬戶，修改密碼就顯示正常了。看來，客戶端改密還是有問題的。
2018-09-04 14:44:10
原创 LaTeX學習筆記（二）—LaTeX編輯環境搭建-MikTeX+ATOM
在多次實驗之後，個人覺得在windows系統下，MikTeX+ATOM是最爲優雅智能的LATEX編譯環境。以下是搭建此環境的過程： 1.MikTeX是Windows下LaTeX的發行版，這是必須裝的。安裝過程也很簡
2018-09-04 14:44:10
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