BEAST推斷貝葉斯樹時如何使用bModelTest選擇最優分子替換模型

在Beautit的Site Model中選擇BEAST Model Test，在下面的選項中選擇transition TransversionSplit，之後正常做mcmc跑樹。用Tracer和bModelTestAnalyser查看結果。

使用Tracer查看結果時，所有參數ESS應大於200.

其中重要的參數有如下幾項：

substmodel：用6位數字指代模型名稱，如HYK，GTR等；

hasGrammaShape：模型是否+G

hasProportionInvariant：模型是否+I

hasEqualFreqs：模型中四種鹼基是否等頻率。 

使用bModeTestAnalyser能更加直觀的觀看最優模型的結果（6位數字代碼）和支持度信息。

根據BEAST文檔，有兩種使用bModelTest的方法。一種是先運行bModelTest，從結果中獲取最優模型和參數，一種是利用bModelTest自動化averaging所有模型，直接得出結論。好像Beast的開發者更傾向於使用這種方法。