TCGA有自己的一批工具，ICGC也有自己的網站，但好的資源都是要整合起來，整合越多越好（雖然事實不一定如此，但有這個想法的人不少），用着才更方便。這就靠今天介紹的UCSC XENA來實現了。
首先說下UCSC，對於生物、醫學的研究者來說，並不陌生，無論是這個學校還是這個網站。
- 數據分析所用的參考基因組序列、基因註釋信息、重複序列信息、區域保守性信息、CpG島信息都可在UCSC的FTP服務器或TableBrowser獲取。當然也可以在ENSEMBLE，詳細閱讀 NGS基礎 - 參考基因組和基因註釋文件。
- UCSC基因組瀏覽器是基因組測序數據可視化的一個標誌性工作。漂亮的圖形展示，PDF出圖，便捷的在線操作，豐富的調控信息，繁多的公共數據集，特有的多樣品Overlay展示等，都是其特色。也可以在本地安裝UCSC基因組瀏覽器，用於測序數據可視化 （三） - UCSC genomebrowser。
然後就是隆重出場的UCSC Xena了。
UCSC Xena功能基因組瀏覽器是集分析、可視化、Galaxy與一體的新一代在線數據分析和可視化平臺。現有91個隊列的1098個公共數據集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都進行了標準化處理。因此不同的數據集之間可以組合比較。
- 熱圖的方式可以進行單基因和多基因的表達、突變、拷貝數變異、樣品屬性的關聯展示。
- 對任何展示的變量(不同表型病人的比較，不同基因表達的比較，突變有無的比較，甲基化水平的變化)都可以進行生存分析，繪製KM-plot，計算其對病人生存率的影響。
- 熱圖可以根據任一變量排序，然後查看其它變量的變化。如根據藥物處理狀態排序，查看基因的表達或修飾的變化。
另外 Xena 提供了ICGC Data Portal的Chrome擴展，可以在ICGC的界面加入XENA的Heatmap展示，不過沒有測試成功。
這次測試Xena插件時，去ICGC的官網又看了下，網站又更新了。好在變化不是特別大，之前ICGC數據庫的使用和TCGA數據庫在線使用都還可以用。
數據庫的使用主要靠自己去多操作，仔細讀，多看文檔，不要想着一下就可以找到想要的內容，尤其是剛接觸時，就當看小說，多瀏覽幾頁，就知道都有什麼了。在熟悉了幾個基本操作，幾種常見的數據類型和展示方式之後，數據庫再怎麼改版也一樣操作了。
XENA提供的這個視頻對熟悉XENA的使用提供了很多幫助，剩下的就看你要解決什麼問題了。
